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人体内存在着大量正常的有益菌群，如果用抗生素治疗无菌性炎症，会引起体内菌群紊乱，以至失调，造成免疫力下降。
生活中经常会发生的局部软组织淤血、红肿、疼痛、过敏反应引起的接触性皮炎、药物性皮炎以及病毒引起的炎症等，都不宜使用抗生素来进行治疗。
如果使用后有效果，还是建议使用老品种的抗生素。相对而言，老的抗生素药效比较稳定，价格便宜，不良反应比较明确。
使用抗生素时必须严格掌握好剂量，否则易发生腹泻、过敏等症状。
频繁更换药物，会造成用药紊乱，从而伤害健康；同时不能一见起效就停药，这样非但治不好病，即使病情已有好转，也可能因为残余细菌作怪而导致病情反弹。其次，频繁换药还容易使细菌产生耐药性。
孩子容易患的咽喉炎、上呼吸道感染等疾病大多是由病毒引起的，使用抗生素治疗一般无效。
即便是因细菌感染引起的发热也有多种不同类型，不能盲目使用头孢菌素等抗生素。例如由结核引起的发热，如果盲目使用抗生素反而会耽误正规的抗痨治疗而贻误病情。
医生通常不主张多种抗生素联合使用。因为联合用药会增加一些不合理的用药风险，导致疗效非但不能增加，反而会降低，同时还容易产生毒副作用，或者助长细菌对药物的耐药性。
一般情况下，在没有明确病原微生物时可以使用广谱抗生素，如果已经明确了致病的微生物最好还是选用窄谱抗生素。
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