主题：【原创】Amdis解卷积软件初步应用（14）----GCMS数据对比

Amdis解卷积软件初步应用（14）----gcMS数据对比
    先回顾一下AMDIS的基本概念

对于AMDIS有的网友可能比较熟悉，特别是农残，环境，有害物，香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥，请批评指正。
一般来说，目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而，对于高基体
背景的样品，大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分，离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠，一般采用背景扣除及手动积分。因此，对于复杂基体的样品数据处理，需要耗费大量的时间。为了提高分析效率，谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件，即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。
下面简单介绍一下AMDIS：
AMDIS软件由美国国家标准技术研究院（NIST）（National Institute ofStandards and Technology）提供。
The Automatic Mass Spectral Deconvolutionand Identification System (AMDIS)
自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从gc/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对gc/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值，然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。
什么是解卷积（Deconvolution）?
NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。 解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)
用下面的简图可以解释解卷积过程:
在gc/MS 中，Deconvolution是一种数学技术，它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样，这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分，而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配，而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。

                                                                                      图1  解卷积过程的简单示意图
***************************************************************************
（回顾：在gcMS分离分析时，虽然现代的毛细管色谱柱的分离效率已经非常高，但是还没有一种色谱柱能够能分离开所有化合物，特别是对于香精这类复杂的混合物。虽然可以考虑配有不同极性的柱子来解决不同样品分离问题，但需更换柱子或配备多台仪器，既是这样有些成分复杂的样品仍有部分物质无法分离。另外对于溶剂大峰或其它大面积峰后面或里面的少量组分，或由于基质干扰或掩盖的小峰，也属于不能分离的峰。虽然可以使用多维色谱（Mgc-MS或gc/gc-MS）来帮助解决复杂分离一些问题，但许多人并无此仪器。所以有时候不免还会遇到未分离组分的鉴定和定量的情况。）

（14）---- gcMS数据对比

（1）同时在不同窗口打开多个gcMS数据
Amdis可以进行两个或多个gcMS数据的比较。
先正常打开第一个文件（Open…，或Open in ----Active Window, 或File Open Recent File或从工作站开的）

图2
然后打开第二个gcMS文件。也可以打开更多的gcMS数据文件来对比查看，不过显示屏要更大了。
在File菜单的Open in ----New Window

图3
可以在window菜单下选择Cascade（重叠显示，如图4）或Tile（分别上下显示，如图3）。

图4
例如点击上下两张图的56.477min的位置，就可以看到各自的质谱图。

图5
也可以通过拖曳（zoom/unzoom）局部放大以便更仔细的观察对比图谱。

图6
可以run运行各自的gcMS数据，得到target的结果：

图7
可以在view菜单下面SameTime Scale来对齐多个TIC的时间段来显示。

图8
（2）在同一个窗口里面显示两张总离子色谱图。
在File菜单的Open in ----Active Window打开第二个gcMS数据文件。

图9
在Analyze菜单的Postprocess…选comparedata file，点击OK。

图10
在postprocess后处理的下拉框选择相应的组分分组。前面的数字是这个分组的个数。

图11
例如（6）Match/Larger，表示一对组分匹配，但其中一个组分至少比另一个组分大3倍。例如下面12.7654min，上面的色谱峰远大于下面的色谱峰。可以观察两组数据里面那些峰是可以匹配的，但大小相差较大的情况。（6）表示有6个match/larger。

图12
(67)Match，是一对组分匹配，不限于3倍大小，只要匹配就行。可以观察两组数据里面那些峰是可以匹配的。如下图。（67）表示有67对组分相匹配。

图13
Unique/Significant,组分在仅在活动窗口的数据文件存在，并且其信号等于或超过信噪比阈值。例如下图中的21.174min上面的数据有峰，下面的数据里面没有峰。

图14
Unique/Trace, 组分在仅在活动窗口的数据文件存在，并且其信号小于信噪比阈值。例如下图中的24.58min的峰很小。

图15
也可以选择All Classes来查看所有组分的分类情况。