主题:【原创】一次失败定性的起死回生

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symmacros
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一次失败定性的起死回生


(气质扫描范围设置不合理对组分谱库检索定性的影响)


前几天前面做另外一些项目样品,是另外一种分析条件,但随后做日化香精时候忘记改到合适分析条件。直到数据采集后发现日化香精样品采集的方法不对,检索匹配不好,甚至有些化合物完全无法匹配。主要问题是设置的扫描范围不对。在处理数据时候犹豫了,重新做就可以避免匹配度不好的问题,但是恰在周末,有点不方便。如果不重做,匹配度不好,对有些组分检索有困难。但时间比较紧,是个问题。但还是先处理了现有数据,先给出结果报告。后来有时间再重新进样在合适的扫描范围采集,做个对比。
两种方法的程序升温,流量都相同。只是扫描范围不同:
方法1:scan range: 50-500m/z
方法2:scan range: 30-300m/z
举例:
下面是9.013分钟的色谱峰和质谱图(方法1)

图 1.  9.013分钟的色谱峰和质谱图(方法1)
***********************************************
用PBM谱库检索结果如下:

图2.  9.013分钟的色谱峰的质谱图检索结果(方法1)
*****************************************************
从图2可以看出来,根本无法得到理想的检索结果,匹配度太差,几乎无法用。
试试NIST search:

图3.  9.013分钟的色谱峰的质谱图NIST检索结果(方法1)
*******************************************************
看来NIST search结果也是不行,一塌糊地,无法用。因为BPM检索和NIST检索相类似,不奇怪。那还要别的方法吗?放弃?想到还有Amdis,不妨也试试。下面是Amdis检索的结果:

图 4  9.013分钟的色谱峰的质谱图amdis检索结果(方法1)
**********************************************************
没想到得到很好的匹配度:
Net----94
Weighted----94
Simple-----94
Resvers----99
匹配异丙醇(isopropylalcohol)
可以看到反向检索结果居然99。真是没有想到Amdis能得到这样的好结果。
再看看用方法2运行的结果的检索结果。
PBM检索:

图5.  9.013分钟的色谱峰的质谱图PBM检索结果(方法2)
**********************************************************
可以看到较好的匹配异丙醇。
再看看Amdis检索的结果:

图6. 9.013分钟的色谱峰的质谱图amdis检索结果(方法2)
**********************************************************
Net----99
Weighted----97
Simple-----97
Resvers----99
当然匹配异丙醇(isopropylalcohol)结果更好。
从上面看到由于方法1从50m/z开始扫描,损失了50m/z以下离子,导致PBM减少和NIST检索无法使用。但Amdis检索仍然表现优异,得到很高匹配结果。TIC如下图:

图7 TIC标注图
*****************************
方法2由于扫描范围比较合适,不论哪种检索结果都比较满意。
因为异丙醇的分子量小,低端离子的丢失对检索结果影响较大。而分子量大的化合物检索,因为大的离子的比例多,而对检索影响较小。例如后面36.1min的dimethyl malonate方法1和方法2的PBM检索结果相差不大。

图8 方法1的PBM检索结果
******************************

图9方法2的PBM检索结果
********************************
从上面看到,对于dimethylmalonate,方法1的PBM检索匹配结果为91,而方法2的PBM检索匹配结果为95,两者相差不大,影响较小。
如果对于较低分子量的化合物,就应该采集到小的离子,以利于得到较好的检索匹配度。大的分子量化合物问题不大。当然对于大分子量的化合物,也要注意分子离子和大的离子足够能够采集到,高端离子采集不到,也会影响检索匹配度,设置不当会得到不准确的结果。
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symmacros
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原文由 sallysally(sallysally) 发表:
对后面化合物影响不是很大。
是的,对后面化合物影响小。主要是前面的化合物影响较大,例如乙醇,异丙醇,乙酸乙酯,乙醛,丁酸乙酯等等。
牛二
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我的分析条件都用一个扫描范围
以后是不是要试试修正一下范围呢?

如果能改变扫描范围后谱图也跟着变化就好了
貌似只能从大范围改成小范围
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学习了,没用过质谱,问一下,扫描范围变宽,有什么影响,是不是只有消耗的时间变长
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原文由 两面佛(Ins_64c40efe) 发表:
学习了,没用过质谱,问一下,扫描范围变宽,有什么影响,是不是只有消耗的时间变长
谢谢关注。如果扫描范围过宽,主要是采集的数据的存储量很大,灵敏度也会收到影响。
symmacros
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原文由 百万个为什么(everlastingz) 发表:
感觉扫描范围还是宽一点更好
扫描范围宽一点,就不会漏掉一些离子,但对灵敏度有影响,数据文件也会变大。
symmacros
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原文由 牛二(v2651621) 发表:
我的分析条件都用一个扫描范围
以后是不是要试试修正一下范围呢?

如果能改变扫描范围后谱图也跟着变化就好了
貌似只能从大范围改成小范围


如果检索正常,没有丢失什么离子,就不用修正了。
有时候改变扫描范围,图谱会有影响。
两面佛
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原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
谢谢关注。如果扫描范围过宽,主要是采集的数据的存储量很大,灵敏度也会收到影响。
谢谢,学习了