主题:【第十三届原创】Amdis-Nist Search初步应用16----如何把Amdis数据库转换为安捷伦的PBM库

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symmacros
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Amdis-NistSearch初步应用16----如何把Amdis数据库转换为安捷伦的PBM库



AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件是一款非常优秀的解卷积,共流峰拆分数据处理软件。使用非常方便快速高效。NIST Search是一款非常好的质谱数据检索软件,同时附带不同格式数据库转换,质谱解析等功能。各种质谱(检索)软件必须使用自己的数据库,必须有相应的数据库来支持才能运行,数据库是必不可少。不同格式的数据库不能通用,必须经过转换后才能使用。虽然可以建立自己的用户数据库,但需要标样,不小的工作量,是一件不容易的事情。如果从别的格式的谱库进行转换就要省很多事情和时间。利用Amdis,NIST search,MSChemStation软件可以进行不同格式数据库的转换。本篇整理讨论如何把Amdis数据库整体转换为安捷伦的PBM库(XXX.L)。前面写过一篇“如何从小型PBM库整体转换Amdis库”,本篇是逆向相反的转换过程。

下面以NIST17所带的Amdis 2.73,NIST Search2.3和安捷伦的MS ChemStation F为例来介绍如何从Amdis数据库整体转换安捷伦的PBM库(XXX.L)。方法流程是利用Amdis的数据库转换功能,先把Amdis格式(*.MSL)转换成NIST Search格式(*.MPS)之后,再利用Lib2NIST Converter软件来转换NIST Search数据库格式文件(*.MPS)成HP JCAMP File(.HP)数据库文件,最后在MS ChemStation软件进行JCAMP Text Filename转换成BPM格式(XXX.L)数据库格式。

1. Amdis的MSL格式数据库文件转换NistSearch的MSP格式数据库文件

启动amdis软件,打开Amdis软件(在程序栏直接启动或MS ChemStation菜单打开)。

在Amdis的Library菜单下面选择Library Transfer…

在Library菜单左面选择正确的路径和名称,打开需要转换的amdis格式数据库文件,例如NISTFF.msp数据库文件,这个是Amdis自带的香精香料示例文件,比较小,共有991个香精香料化合物。

图 1 调用Amdis数据库文件



创建新的MSP文件,例如nistff.MSP。

在Library菜单右面选择正确的路径和名称,调用需要转换的已经存在的NIST search文件或者创建新的MSP(Simple MS File / MassSpectral Transfer File )格式数据库文件,例如NISTFF.msp库文件。

图2  创建新的MSP文件



选择左面NISTFF.msp数据库文件的所有化合物

图 3  选择化合物



点击中间的Transfer按钮,转换所选定的化合物到nistff.msp。

图4 转换



完成转换后,记住转换文件的路径目录,例如C:\NIST08\AMDIS32\nistff.msp或存入NIST Search的目录下,后面使用更方便。

2. 转换Nist Search的MSP格式数据库文件格式到HP JCAMP File (.HP)数据库文件

启动Lib2NIST Converter

可以从Windows10的程序栏(start)的Lib2NISTConvert或NIST17文件夹的Lib2NIST 点击启动。



图 5 启动Lib2NISTConvert



点击Add Input Library/Files,在相应的目录下选择刚才的nistff.msp文件

图 6  输入数据库文件



点击Open

图 7 打开



在输出格式Output Format下面选择HP JCAMP File (.HP)

图 8 选择文件格式



点击Convert

可以在C:\...\mssearch文件夹里面看到nistff.HPJ了。

图 9 数据库文件目录



3. JCAMP Text Filename转换成BPM格式(XXX.L)数据库格式

开启安捷伦的MS ChemStation工作站,在视图/View菜单选择参数检索/parametric retrieval。

在出现的对话框后,点击取消/cancel。

在library菜单选择ReadJCAMP file…。在Enter JCAMP Text Filename对话框,找到nistff.HPJ数据库文件(在database目录下面)。点击打开/open。

在Enter New Library filename对话框输入文件名,例如nistff,确定。在工作站下面的进度条可以看到Reading entry xxx……。

出现finished! Translated 991 entries,点击确定。这样就把JCAMP文本格式数据库文件变成MS ChemStation可读的BPM格式数据库文件了。

图10 转换BPM格式数据库文件



注意,新生成的转换安捷伦格式的xxx.L不是在X(盘符):\database的目录下面,而是在X:\gcms\msexe下面(F版工作站)或X:\msdchem\msexe(E版及以下版本工作站)。把nistff.L拷贝到X:\database的目录下面。

这样选择nistff.L数据库就可以检索使用了。

图 11  选择谱库


图12 检索质谱图



这样就可以使用了,其它谱库检索功能项目都能正常使用了。
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symmacros
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fjj1989
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支持。。
正常都是安捷伦库转AMDIS库,还真没想过AMDIS库转安捷伦库。。
AMDIS自带的香精原料较少。。
symmacros
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原文由 fjj1989(v3128295) 发表:
支持。。
正常都是安捷伦库转AMDIS库,还真没想过AMDIS库转安捷伦库。。
AMDIS自带的香精原料较少。。
有时候可能会有些用处。
波波熊
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Brewer
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朱老师你好,我目前安装了一个nist20的软件,但是不知道如何转换为nist20.l,请问是按照这个流程吗?