主题:【活动】积分商城京东卡申领活动——回帖抢楼换京东卡!(活动已结束,获奖楼层已公布)

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模板(靶基因)核酸 模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本。SDS的主要功能是:溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS 还能与蛋白质结合而沉淀; 蛋白酶K能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法,要防止RNase降解RNA。
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Mg2 浓度 Mg2 对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的PCR反应中,各种dNTP浓度为200umol/L时,Mg2 浓度为1.5~2.0mmol/L为宜。Mg2 浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性,使反应产物减少。
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标准的PCR过程分为三步(如图所示):

1.DNA变性(90℃-96℃):双链DNA模板在热作用下,

氢键断裂,形成单链DNA

2.退火(复性)(40℃-65℃):系统温度降低,引物与

DNA模板结合,形成局部双链。

3.延伸(68℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右最佳的活

性)的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′ 端延

伸,合成与模板互补的DNA链。

每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量既增加一倍。

现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度。
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预变性(Initial denaturation).

模板DNA完全变性对PCR能否成功至关重要,一般95℃加热3-5分钟。
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引物退火(Primer annealing)

退火温度一般需要凭实验(经验)决定。

退火温度对PCR的特异性有较大影响。
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引物延伸

引物延伸一般在72℃进行(Taq酶最适温度)。

延伸时间随扩增片段长短及所使用Taq酶的扩增效率而定。
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循环中的变性步骤

循环中一般95℃,30秒足以使各种靶DNA序列完全变性:

变性时间过长损害酶活性,过短靶序列变性不彻底,易造成扩增失败。
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循环数

大多数PCR含25-35循环,过多易产生非特异扩增。
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最后延伸

在最后一个循环后,反应在72℃维持5-15分钟.使引物延伸完全,并使单链产物退火成双链。
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一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚至消失。

假阴性,不出现扩增条带

PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
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