主题:【已应助】基于LCMSMS的质谱分子网络

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小阿杜
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各位老师好!请问有没有用GNPS创建过质谱分子网络的,说是用MSMS数据,waters的MSe数据转换成mzML可行吗?我转换格式后上传,做出来的网络图很少是怎么回事呢?
最佳答案:歪果仁zZ回复于2021/06/09
建议参考一下这篇文献Wang M X, Carver J J, Phelan V V, et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with lobal Natural Products Social Molecular Networking[J]. Nat Biotechnol, 2016, 34(8): 828-837.,2014 年,全球天然产物社会分子网络(Global Natural Products Social Molecular Networking ,GNPS)数据库(http://gnps.ucsd.edu)正式开放使用,为广大科研团体提供了开放性的知识平台,可以免费共享原始的、处理后的以及鉴定的MS/MS质谱数据,能够加速促进未知化合物的指认。目前,GNPS 已经收录了22 644 个化合物和235 850 个谱图,这些化合物和谱图的来源主要有3 个:(1)第3 方数据库MassBank、HMDB、ReSpect、NIST(2014);(2)Dorrestein 实验室和Sirenas MD 单位采集的化合物和谱图;(3)全球多个科研群体提供的化合物和谱图。GNPS 质谱数据库不仅具有鉴定已知化合物( dereplication )、类似物( variable dereplication)和自动分析MN 中化合物的功能,还具有对多来源的MS/MS 数据进行存储管理及更新数据的功能。作为算法和数据库,MN 和GNPS类似于在DNA 和RNA 研究领域具有重要影响的BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)和GenBank。
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建议参考一下这篇文献Wang M X, Carver J J, Phelan V V, et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with lobal Natural Products Social Molecular Networking[J]. Nat Biotechnol, 2016, 34(8): 828-837.,2014 年,全球天然产物社会分子网络(Global Natural Products Social Molecular Networking ,GNPS)数据库(http://gnps.ucsd.edu)正式开放使用,为广大科研团体提供了开放性的知识平台,可以免费共享原始的、处理后的以及鉴定的MS/MS质谱数据,能够加速促进未知化合物的指认。目前,GNPS 已经收录了22 644 个化合物和235 850 个谱图,这些化合物和谱图的来源主要有3 个:(1)第3 方数据库MassBank、HMDB、ReSpect、NIST(2014);(2)Dorrestein 实验室和Sirenas MD 单位采集的化合物和谱图;(3)全球多个科研群体提供的化合物和谱图。GNPS 质谱数据库不仅具有鉴定已知化合物( dereplication )、类似物( variable dereplication)和自动分析MN 中化合物的功能,还具有对多来源的MS/MS 数据进行存储管理及更新数据的功能。作为算法和数据库,MN 和GNPS类似于在DNA 和RNA 研究领域具有重要影响的BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)和GenBank。
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