主题:【已应助】结构文件相关

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Apri2
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请问从Findit导出的cif文件load进Topas时,弹出如下提示:

Error loading sstring. in

at { H }, unknown or misplaced keyword at LINE: 65

See log file .

结构文件中缺少H的位置信息,去COD网站上却也找不到相应的结构文件,这样的物相碰到好多个了,放了几个在附件1中;

还有一些结构文件中有这样的位置信息,例如附件2

Wat11  0.15300  0.10100  0.19400  1.00000  0.03300
Wat12  0.17100  0.63900  0.19200  1.00000  0.03500
Wat13  0.65800  0.38500  0.19500  1.00000  0.03800
Wat14  0.65900  0.86100  0.19000  1.00000  0.03800

这里的Wat代表什么?

分析数据时我一般用Jade和HighScore Plus,但有时某些物相找不到对应的结构文件,例如附件3

以上这些情况是不是只能自己去编写结构文件?我编写结构文件用的是VESTA,其中Structure parameters我能从一些文献中找到,但是在编辑Bonds时却不知道怎么办了,编辑界面见附件4

数据分析时被这些问题困扰了好久,虽然也找了一些资料去看,但自己做的时候总被它们卡住,本版的大多数帖子我都看了,解决了我先前工作中的很多问题,但我提到的这几个还未见有相关的讨论贴,在此希望各位大神能施以援手,不胜感激!
最佳答案:iangie回复于2021/07/15
既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的


不然就花钱买更完整的数据库
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iangie
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你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题  就是把S 6 选成S 就可以算了
wat  明显就是water 呐
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原文由 iangie(iangie) 发表:你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题    就是把S 6 选成S 就可以算了wat    明显就是water 呐
我就是google下载的Topas academic。
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既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的


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原文由 iangie(iangie) 发表:
既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

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学到了!H离子对最终定量分析的结果没有影响,这我就放心了,谢谢版主!
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原文由 iangie(iangie) 发表:
既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

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版主您好,能否麻烦您根据我上传的这篇文章帮我制作一个文中对应物质的cif结构文件,我按照您告诉我的方法在软件中一个个输入原子的位置信息,但是运行时候提示我“Error reading to char "”
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原文由 Apri2(Insp_3af65199) 发表:
版主您好,能否麻烦您根据我上传的这篇文章帮我制作一个文中对应物质的cif结构文件,我按照您告诉我的方法在软件中一个个输入原子的位置信息,但是运行时候提示我“Error reading to char "”


已解决

版主的方法没问题,我操作错了,导致输入的物相不被识别!