Q-TOF做二级质谱，是用Q选择母离子（比如m/z=500），然后碰撞池打碎，然后TOF得到二级质谱（比如发现有一个子离子是m/z=300，当然还有其他子离子），但是还想把m/z=300的子离子继续打碎，怎么办呢？对于QTOF仪器来说，只能用伪三级功能。

所谓的伪三级质谱，指的是在Q前面有一个源内裂解（不选择母离子，直接把电喷雾产生的所有离子统统打碎，此时我们想要的母离子m/z=500也被打碎），然后Q选择子离子（选择m/z=300），然后碰撞池打碎，TOF就得到的m/z=300的子离子质谱图，是为“三级质谱图”。

为什么叫伪三级呢？因为源内裂解是不选择母离子的，因此Q选择m/z=300子离子的时候就不能保证这个m/z=300一定是我们要的m/z=500的母离子所产生的，也有可能有其他的干扰离子也会碎裂产生m/z=300的子离子，更有甚者，有可能从离子源直接产生的m/z=300的离子比较结实，没有被源内裂解打碎，直接到达了Q；还有可能在源内裂解区域发生了分子离子反应，那就更说不清楚了。

总而言之，采用源内裂解得到的“三级质谱图”之所以冠之以“伪”，是因为我们无法保证Q所选择的子离子m/z=300一定是根正苗红的m/z=500的子离子。

事实上，不仅是QTOF，基本上所有的ESI源、APCI源等API源都可以实现源内裂解功能。