对于反相色谱分离而言，流动相pH值的设置要抑制组分电离从而有利于保留。只要色谱柱能够承受，分离有机酸都要把流动相pH调低。

但对于ESI离子源而言，溶液pH值设置需要促进组分电离从而有利于离子化。对于有机酸来说，高pH值更好。

两者是矛盾的，通常的做法是折中，兼顾两者，但是对于两者都不是最优条件。

如果想要更好的负离子质谱响应，可以考虑在色谱柱后离子源前用三通加氨水溶液把进入ESI源的溶液pH调高，不过要考虑到可能影响ESI的喷雾效果以及色谱峰的展宽。