主题:Varian核磁二维谱的设置及其数据处理!

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luximei211
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我是Varian的用户,我做的二维谱不多,而且做的大多数时候都是用的CustomQ 来做,用Autoprocess进行处理谱图,但是我觉得这样很多时候谱图处理出来的效果不是很好,可是如果自己设置我又不知道该怎么设,请大家指导一下,谢谢!
推荐答案:xiangziholy回复于2005/12/19
关于二维谱处理,资料中心有一篇ROESY实验参数,可以参照处理COSY、NOESY
不过有个指令dpn10没搞明白,我用的dconi显示图谱
补充答案:

sslin回复于2006/01/12


1. 以下两种应该也有梯度场, 输入: gHSQC, gHMBC
2. 注意 以上两者所测 90 度脉冲是 H 而不是 C.
3. 另外, 有时可以考虑给仪器热身一下, 例如定 ss=32

rank回复于2006/08/23

很多时候取决于具体的样品吧。
以小蛋白为例,~10kDa, 1mM。
HSQC: 首先你要保证一维谱图足够清晰。nt>4, 一般你要保证s/n足够大。dsn会告诉你sn的值。我用的是500MHz, sn>70, 300MHz, sn=70*(300/500)^3/2. 对于溶剂峰,可以考虑用watergate除去。

j1xh可以去查,N-H ~95Hz, Ca-Ha 140Hz, 剩下的自己google一下吧。
混合时间=ni/sw1, 如果你需要indirect dimension很精确的话,就要设置ni比较大。 一般蛋白的混合时间〉10ms, 大蛋白由于驰豫的原因,混合时间更短。

拿到数据后,我一般用nmrPipe去处理,linux下的免费软件,很好用。通过zero filling 和 应用 window function, 可以有效的增加解析度。另外如果你只进行F1维FT变换,可以看到你在F2维,fid是否衰减到0。根据这个你可以决定增减ni.



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icefirel
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你问的问题范围有点大,最好说明你常作的二维谱有哪些,问题问具体了别人才好帮你回答。
xiangziholy
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我的常用参数及步骤
COSY: 作氢谱,选好谱宽输入movesw,gCOSY,改ni=200or256,设定nt
NOESY:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入NOESY, ni=400, gain=38,nt?
HSQC:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入HSQC, ni=256, gain=38, d1=2, nt=?
HMBC: 作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入HMBC, ni=400, gain=38, d1=2, nt=?
luximei211
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谢谢楼上的,j1xh 和混合时间怎么设定?有什么规律吗?谢谢!!
还有就是数据处理?
xiangziholy
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忘了几个参数
我的常用参数及步骤

NOESY:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入NOESY, ni=400, gain=38,nt? mix=0.5-0.8(根据论坛里的文章,分子量小于400或600的小分子设定mix=0.8左右,大分子mix=0.5or0.6)

HSQC:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入HSQC, ni=256, gain=38, d1=2, nt=?
j1xh是根据分子结构查参考文献的,默认值140,我一般不改的,对于五元芳杂环设定j1xh=160-200,如果氨基酸之类修改j1xh等于H-N耦合常数和其他参数可以得到H和N的HSQC图
xiangziholy
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关于二维谱处理,资料中心有一篇ROESY实验参数,可以参照处理COSY、NOESY
不过有个指令dpn10没搞明白,我用的dconi显示图谱
luximei211
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sslin
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原文由 xiangziholy 发表:
我的常用参数及步骤
COSY: 作氢谱,选好谱宽输入movesw,gCOSY,改ni=200or256,设定nt
NOESY:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入NOESY, ni=400, gain=38,nt?
HSQC:作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入HSQC, ni=256, gain=38, d1=2, nt=?
HMBC: 作氢谱,选好谱宽输入movesw,测90度脉冲,输入HMBC, ni=400, gain=38, d1=2, nt=?

1. 以下两种应该也有梯度场, 输入: gHSQC, gHMBC
2. 注意 以上两者所测 90 度脉冲是 H 而不是 C.
3. 另外, 有时可以考虑给仪器热身一下, 例如定 ss=32
rank
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很多时候取决于具体的样品吧。
以小蛋白为例,~10kDa, 1mM。
HSQC: 首先你要保证一维谱图足够清晰。nt>4, 一般你要保证s/n足够大。dsn会告诉你sn的值。我用的是500MHz, sn>70, 300MHz, sn=70*(300/500)^3/2. 对于溶剂峰,可以考虑用watergate除去。

j1xh可以去查,N-H ~95Hz, Ca-Ha 140Hz, 剩下的自己google一下吧。
混合时间=ni/sw1, 如果你需要indirect dimension很精确的话,就要设置ni比较大。 一般蛋白的混合时间〉10ms, 大蛋白由于驰豫的原因,混合时间更短。

拿到数据后,我一般用nmrPipe去处理,linux下的免费软件,很好用。通过zero filling 和 应用 window function, 可以有效的增加解析度。另外如果你只进行F1维FT变换,可以看到你在F2维,fid是否衰减到0。根据这个你可以决定增减ni.



alex2000
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