作为大型精密仪器，液相色谱仪，气相色谱仪，离子色谱仪，凝胶色谱仪等色谱仪的期间核查至关重要，对于了解仪器的精密度、准确度和灵敏度是否变化，检测数据是否准确可靠有重要意义。
以最常用的紫外-可见分光检测器为例，液相色谱仪期间核查规程为：设置检测波长254cm，时间10min，流动相：甲醇，色谱柱：反相色谱柱，要求基线噪声应≤5X 10^-4AU。
以火焰离子化检测器为例，气相色谱仪期间核查规程为：色谱柱HP-5 (30m*0.25mm*0.25μm)，载气:1.0ml/min，气化室温度：250°C，检测器温度：250°C，柱温:50°C。噪音检查应符合要求。
离子色谱仪常用于无机阴离子、无机阳离子、有机酸、糖醇类、氨基糖类、氨基酸、蛋白质、糖蛋白等物质的定性和定量分析。它的分离机理主要为离子交换，即基于离子交换色谱固定相上的离子与流动相中具有相同电荷的溶质离子之间进行的可逆交换。电导检测器是离子色谱常用的检测器，核查规程为：色谱柱: AS11-HC；柱温: 30°C；流动相: 30mM KOH；流速: 1.0mL/min。待仪器稳定后记录30min的基线，要求基线漂移≤0.10μS。
凝胶色谱仪分离原理为凝胶色谱柱的分子筛机制，按分子大小依次被洗脱。核查规程考察聚苯乙烯标准溶液线性，配制不同分子量的聚苯乙烯溶液进行测试，计算标准曲线线性相关系数，结果要求R> 0.99。
氨基酸分析仪是基于阳离子交换柱分离、柱后茚三酮衍生、光度法测定的离子交换色谱仪。基本原理为流动相推动氨基酸混合物流经装有阳离子交换树脂的色谱柱，各氨基酸与树脂中的交换基团进行离子交换，当用不同的pH缓冲溶液进行洗脱时因交换能力的不同而将氨基酸混合物分离，分离出的单个氨基酸组分与茚三酮试剂反应，生成紫色化合物或黄色化合物，用可见光检测器检测其在570 nm、440 nm的吸光度。这些有色产物对应的吸收强度与洗脱出来的各氨基酸浓度之间的关系符合朗伯-比尔定律。据此可对氨基酸各组分进行定性、定量分析。核查规程：启动仪器待稳定后，由进样系统注入氨基酸混合标准溶液进行色谱分析，由色谱图测量的数据分别两物质间的计算分离度，要求：苏氨酸(Thr) -色氨酸(Ser)不小于85%，甘氨酸(Gly)-丙氨酸(Ala)不小于90%，亮氨酸(Leu)-异亮氨酸(Ie)不小于80%。