在寻找母离子之前,应先根据该化合物的化学结构或参考相关文献、标准等,初步判断该化合物适不适合在ESI离子源下电离,以及该化合物在ESI离子源下的扫描方式(正、负离子模式)。对于ESI离子源来说,正离子模式下的母离子一般为加氢离子、加胺离子或加纳离子;负离子模式下一般为减氢离子、加甲酸根离子或加乙酸根离子。
在准分子离子或其它加合物离子稳定性较差或者响应较低的情况下,也可以选择目标化合物的源内裂解离子作为母离子,比如涕灭威、水胺硫磷、甲草胺、乙草胺、丁草胺等化合物。选择源内裂解产物离子时,分析者应能够正确分析化学键的断裂位置,识别并区分裂解产物离子和其它背景干扰离子,避免造成误判。