主题:请教NOESY: 空间距离?

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chasgone
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noesy是距离小于4nm才会出现noe峰,据说(我只是听说)只有同一物质的空间相邻H才能出现交叉峰,我对次表示怀疑,因为对于一个长链大分子来说,如果分子的这一端弯曲后和另一端相邻的话是出现了交叉峰,但是这两个h原子已经隔了无数个化学键了,所以是不是属于同一个分子已经不是很重要了,是吗?也就是说只要两个H原子只要距离小于4nm,不管是不是同一个分子内都会出现交叉峰的,对吗,望大人指点。
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xing1999
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也不是非得一个分子,如果两个分子有相互作用从而空间位置很近也有信号的。比如有很多人用ROESY研究环糊精作主体包结其它客体分子的空间构象。NOESY应该一样。
guoxr
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一般氢核间距离小于5 Å才会在noesy谱上出现noe峰,没有4nm那么大的距离。
这是一种空间上的相互作用,对于一个长链大分子来说,如果分子的这一端弯曲后和另一端相邻的话也会出现交叉峰,而无论两个h原子已经隔了多少个化学键。用nmr确定蛋白蛋白质构象也利用了这种原理。
基于这种作用,两个h原子间有小于5 Å的稳定距离,即使两个原子在不同分之内也会有noe信号。比如两个分子组成complex,可以观察到两个分子之间的noe信号。
sslin
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guoxr 提到的 "稳定距离" 为关键字眼.
早期教科书定义 NOE 距离为 3.5 A.
chasgone
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我说错了,我本来是要说的是0.4nm,而不是4nm,见笑了。谢谢各位大人指点。也就是说只要两个分子的空间距离因为氢键等作用而使得距离比较‘稳定‘的小于0.5nm的话,都会出现交叉峰的,对吗?对于小分子来说,如果分子间没有什么特殊作用的话,一般不会稳定的小于0.5nm的,我可以这样说吗?
guoxr
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不是指分子间距离,而是两个氢原子的距离‘稳定‘的小于0.5nm的话,noesy谱上都会出现交叉峰。noe作用距离上大家可能不统一,可能和仪器灵敏度有关,用灵敏度更高的谱仪,增加采集次数可能6-7Å距离的noe交叉峰也会出现。

如果分子间的没有特殊的作用,那么分子在溶液里就是随机运动的,分子间的两个氢原子的距离没有机会‘稳定‘小于0.5nm,这时只会看到分子内的noe交叉峰。

有个现象是,对于一个需要做noesy的样品,有个与之对应的外磁场强度,可以使noesy谱交叉峰强度为零。一般不会遇到这种情况,但noesy谱峰强度异常时可能就要考虑它了。
chasgone
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你说:对于一个需要做noesy的样品,有个与之对应的外磁场强度,可以使noesy谱交叉峰强度为零。这个情况我不大清楚,不知道这个外磁场与样品有什么关系呢?不过我听说两个原子所在的化学键成90度的话,尽管距离很小,也是检测不到noe的。
对了,我还想问你,对于我们一般的样品,两个分子或者原子间在统计学上的距离一般是多少呢?
ailaoqiang
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没听说过外磁场使NOE为零。90度两面角,似乎也不能使NOE为零。到是有可能使J3偶合常数趋于最小。特定分子量的化和物NOE为零。此时,可用ROESY测量。
chasgone
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我也知道偶合常数的大小可以用卡扑拉斯公式计算,当二面角为90度的时候偶合常数最小。至于此时的noe为零,我是听有关权威人士说的,在书上我倒是没见过,不知道是真是假。
guoxr
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我和ailaoqiang关于NOE零点都是说的同一原因的两个方面,ωτc=1.12时, 氢NOE交叉峰为零,样品分子量改变是改变τc,而外磁场强度改变是改变ω。而Roesy 没有这样的零点。
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