主题：【原创】利用Image J实现TIA（ser）和DM（dm3）TEM图片格式批量转换

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发表于：2021/04/24 17:41:39 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

我们拿到的透射电镜原始数据格式，主要是TIA拍摄的.ser（.emi为TIA内部格式，第三方软件较难读取）以及DM拍摄的dm3格式。对于dm3格式转成普通图片比较容易，因为新版DM已经免费，网上也还有各种旧版可以搜到。然而.ser格式对于部分同学可能还是比较麻烦，虽然也有TIA安装包和教程（鄙人也上传过，需要的可以自行查看），但是还是有部分人会装不上。

那么还有没有其他软件可以实现将.ser直接转换成图片呢？当然是有的，那就是Image J。其实这也是一个功能强大的软件，可以添加各种插件，功能很多，我们利用它可以将.ser文件批量转为图片。下面介绍怎么使用Image J进行.ser文件读取和批量转换。

软件下载地址：https://imagej.nih.gov/ij/download.html

Image J软件下载页面，选择对应系统版本下载即可。

插件下载地址：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html#io
插件下载页面

对于我们处理dm3和ser文件，只需要下载TIA Reader就行了，其他插件可以自行探索。将下载的软件压缩包解压，把下载的TIA Reader插件复制到文件夹：ImageJ\plugins\Input-Output。此时直接运行Image J文件夹下的Image J.exe就可以打开软件：
Image J 软件主界面

可以看到Plugins->Input-Output下有了TIA Reader插件：
Input-Output下TIA Reader插件

利用TIA Reader便可以直接打开ser格式TEM图片：
Image J打开ser格式图片窗口，虽然没有标尺，但是窗口顶部有整张图片的尺寸信息，利用这个信息便可以添加标尺。

可以看到Image J还自带了dm3插件，因此也可以直接读取dm3格式TEM图片。下一步我们讲如何实现批量转换。批量转换需要添加另一个插件，该插件可以将文件夹下的ser和dm3文件同时转换为普通图片，名称为TEM_Ser_dm3_batch_convert.ijm，插件由github上IMBalENce发布，原地址：https://github.com/IMBalENce/EM-tool。部分愿意折腾的同学可以在文末获取该插件源码，将源码复制到文本文档中便可进行修改调试，然后将名称及后缀修改为TEM_Ser_dm3_Folder_Export.ijm，同样复制到文件夹ImageJ\plugins\Input-Output。不愿麻烦的直接下载（链接：https://pan.baidu.com/s/1gcCW2sW4_01knRis7Hvc3Q
提取码：2ueq 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦），然后复制到对应文件夹，重启软件就可以看到该插件：
TEM_Ser_dm3_Folder_Export

好了，这回愉快地进行批量格式转换吧！点击插件后选择源文件夹和导出目标文件夹：
选择源文件夹和导出目标文件夹，可以复制目录填入

软件会自动完成转换，转换出的图片标尺信息在文件名末尾，为整图横向尺寸信息。如下图所示：
导出图片尺寸信息在文件名末尾，为整图尺寸

（说明：试用过程发现转换为tif格式会出现图片衬度不对，即整图全黑。因此，此处给出的插件已经自行修改为导出jpg格式，如果需要其他格式请自行研究。

注意：如果数据中有EDS面扫和线扫，请将对应的文件先拿出再进行转换，否则插件会读取每个点的谱图造成速度缓慢，不过没有其他问题。）

TEM_Ser_dm3_batch_convert插件源码：

// Batch convert TIA or Gatan dm3 image file to tiff
// by Zhou XU
// 2020/05/05
// at Monash Centre for Electron Microscopy
// Windows 10 Enterprise Ver. 1803
// ImageJ ver. 1.52p

List.setCommands;
if (List.get("TIA Reader")!="") {
// Check to make sure TIA reader plugin is installed
//open directory of images
input = getDirectory("location where images are stored");
output = getDirectory("Location for results");

// determine number of Files of given FileFormat
list = getFileList(input);
ImgNumber=0;
for (i=0; i<list.length; i=i+1) {
if (endsWith(list, ".ser")) {
ImgNumber=ImgNumber+1;
filename = input + list;
print(filename);
run("TIA Reader", ".ser-reader...=filename");

// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
imageWidth = getWidth();
HFW = imageWidth * pixelWidth;

filename_short = substring(list, 0, lastIndexOf(list, "."));
exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
saveAs("JPEG", exportFile);
run("Close All");
}

else if (endsWith(list, ".dm3")) {
// for gatan dm3 files
ImgNumber=ImgNumber+1;
filename = input + list;
print(filename);
open(filename);

// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
imageWidth = getWidth();
HFW = imageWidth * pixelWidth;

filename_short = substring(list, 0, lastIndexOf(list, "."));
exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
saveAs("JPEG", exportFile);
run("Close All");
}
}
}

else {

Dialog.create("Error");
Dialog.addMessage("TIA Reader plugin is not intalled, \nplease download and install from \nhttps://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html \n ");
//Dialog.addHelp("<html>https://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html");
Dialog.show();

}