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主题：【讨论】关于质谱对DNA片断长度识别的问题，欢迎讨论

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sklzhy
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发表于：2010/08/05 18:47:57 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
有这么几个问题想和大家讨论，

1，质谱对DNA测定的浓度范围是多少？低于多少的浓度是不可测的。pg/ul ng/ul或者单分子是不是就没有可能了？
2，对DNA长度的限制？ 多数文献都是测定小片断，100base以上都很少。
3，据说maldi-tof对大分子比esi好，不知道是不是老皇历了。
4，我这里试过一次maldi，设备旧了些ABI的Voyager-4379,
    337纳米的激光激发。测很低浓度的138b的没有测出来，1ug/ul的10 bp ladder只有10 bp的峰在，后续的峰都很弱。怀疑matrix和样品准备有问题。
    用HPA : 醋酸氨 ：样品= 1:1:1  样品1ug/ul的10 bp ladder （10， 20 -330）
   
其他条件在文件里。

实际想测的比这个浓度低百万倍吧。对质谱不了解，不知道有没有可能测了。欢迎介绍好的文献过来。
附件：
10 bp ladder-maldi-tof.pdf
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2010/8/6 11:47:40 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
you can try nanoESI in the negative mode, with a fine tip.
I think the multiple charge will help you to see them.
ng/ul should be good. Single molecule is not possible for MS detection.
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maldiguy
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2010/8/6 18:24:36 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
你的样品是怎么来的？样品里除了DNA/Oligo，还有其他的么，尤其是盐
总的来说，DNA/Oligo的样品比较难做，因为含有太多的磷酸根，特容易和钠离子等结合
我做过100 base以上的olio，一个OD的浓度没问题
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2010/8/8 21:34:05 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 maldiguy(maldiguy) 发表:
你的样品是怎么来的？样品里除了DNA/Oligo，还有其他的么，尤其是盐
总的来说，DNA/Oligo的样品比较难做，因为含有太多的磷酸根，特容易和钠离子等结合
我做过100 base以上的olio，一个OD的浓度没问题
非常感谢大家。
听说盐化是一个重要问题。我的样品主要还有TPE缓冲液，而且有讨厌的EDTA。
另外不知道尿素对检测的影响。如果方便，maldiguy兄，可否点拨一下？如何处理样品和实验条件？
还有，对于附件中多片断的检测，为什么只有一个峰出来了？
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2010/8/9 21:29:09 地毯 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
如果样品量不是很大的情况下，可以考虑用ZipTip desalt
如果盐浓度太高，ziptip也不好使的
把脱盐的问题解决，应该能看到其他峰的，尤其是你的ladder样品
对20 bases以下的oligo，可以考虑THAP做基质
同时，对ABI DE-STR，可以增加wire的电压，提高灵敏度
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