主题:【转帖】PubMed检索小窍门

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风之彩
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【前言】
只是一些小小的tricky,自己平时看文献时候常用的一些方法,诸位都是同行,不当之处,当请一笑处之;若能有更好见解出现,权当我是抛砖引玉之)
我的电脑平台:
WinXP sp2 en, firefox 1.5, 需要的firefox插件:super dragandgo, 和pubmed search engine我将从我掌握的搜索语法开始,然后谈一些自己认为比较pro的search tricky,可以广泛的用于诸位同行的日常工作,学习,实验,哦,对了,还有陶瓷,嘿嘿

【正文】
如何找到pubmed?
www.ncbi.nlm.nih.gov
是在我刚刚上研究生的时候,从来从来都记不住的东东,碰到电脑重装,favourite没有了,我唯一能作的就是google了,www.pubmed.gov这两天上去查文章看见的,也不知道是什么时候生效的域名,不过想来以后不会再有人因为记不住ncbi的长长网址而没法检索文献了,呵呵。

PubMed检索语法:

通常我们需要了解的相关语法分为运算符和类别两大类。前者包括以下几种:与(AND),或(OR),双引号 " ,小括号(),中括号[],需要注意的是,pubmed的检索中,所有的输入,默认转换为小写,你搜索cdna或者cDNA,得到的结果都是一样的。但是这样的语句,返回的结果是大大不同的,如下:cdna and mrna 检索的是在all field中,同时出现三个检索目标cDNA, and, mRNA的文章cdna AND mrna 检索的是在all field中,出现cDNA"和"mRNA两个目标的文章。是的,我想说的是,与,或运算符,也就是AND, OR必须永远大写才能起作用我将在后面的类别中具体谈及all field和中括号[]的含义。

下面要说的是双引号和小括号,注意这里都是英文输入状态下的" ()而不是中文输
入的双字节“”( )。我们检索mouse embryo的时候,返回的结果并不是小鼠胚胎,而是在任意地方分别检索mouse和embryo,事实上,键入mouse embryo返回的结果等同与搜索mouse AND embryo如果我们想要搜索“小鼠胚胎”的话,我们需要双引号这里(注意是英文状态下的),如下"mouse embryo"关于小括号,我请大家看一个例子,也许研究ubiquitin pathway的同学会比较熟悉下面("Skp1-cullin-F-box" OR "skp1-cullin F box") AND ("embryo development")SCF complex是泛素相关途径的一个很重要的complex,通常代表F的F box protein会简写成F-box或者F Box,因此一个关于SCF的没有遗漏的检索应该是OR的并集,同时包括了F-box和F box的两种写法,但是当OR,AND同时出现的时候,需要我们指定先后顺序,上面的例子中就是搜索胚胎发育相关的SCF途径所有的文献,这里就是小括号的作用,

关于类别,在检索网页的preview/index tab中可以找到,人为的将检索条件细化到很多类别,作者,出版时间,期刊,卷数,单位,MeSH(medical subject heading)等等。我主要说自己经常用到的:mephisto[author]:检索pubmed中作者为mephisto的文章,呵呵, 简写为[au]检索作者的时候按照姓, 名格式,最好只用姓,只能检索Nash, John或Nash,检索John Nash八成出错。Gene[journal]: 检索GENE期刊 简写为[ta]25[volume]: 检索第二十五卷期刊,简写为[vi]review[pt]: 检索Publication Type为综述的文章,简写?就是[pt]啦2005[dp]: 检索2005年的发表的文献,可以写成如下2005/9[dp] 不用写多少日或者是一个时间段的文章,如1999:2005/6[dp]University of Pennsylvania[Affiliation]: 检索UPenn的作者发表的文章,简写为[ad]ca101211[gr]: grant number的简写,检索课题经费号,如果是NIH grant的话,必须是八位的。mouse[title]: 检索标题中有小鼠的,简写为[ti]mouse[title/abstract]:同时检索标题、摘要中有小鼠的文献,简写为[tiab]基本上我常用的就是这些了,欢迎大家补充。^___^

我们学习这一切的目的都是为了更加快速的找到我们想要的文献,自己根据需要,在search栏中直接写入一个语句,回车,boo, 文章出来了,呵呵;而不是一次次在pubmed的网页上preview, index, limit,……那样显得偶们忒不专业了不是?嘻嘻我是这样做的,由于我用的web browser是ff,通过添加的search engine,我在右上角的search bar里面,下拉选择pubmed, 然后直接输入mephisto[au] AND (science[ta] OR cell[ta] OR nature[ta]) AND 2006[dp]回车,然后,哼哼一篇paper都没出来,呵呵

好了,最后说说重点,My NCBI & 陶瓷 起初,它叫做Cubby,一个很小的东东,其实那时候我也没用过,感觉很鸡肋的说,后来web进入了MY时代,MY MSN, MY yaho, MY google......没错,NCBI也MY了一把的说,而且非常强大!注册需要一个id,登陆密码,一个email地址,这样一来,每次检索完后,寄回search

result的时候,不用每次再输入email地址了;但这只是一个很简单的功能,你可以save你的每次search result,同时设定更新,每天、每周、或每月,并选择是否将更新信息寄回信箱。看到这里大家明白了吧,呵呵locate每一位教授,在每一个领域,发表的每一篇文章,在他每一文章发表的第一天得知消息,email他,骚扰他,拍马他,陶瓷他,……………………咳咳,知识就是offer啊,诸位!!!
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