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常见的数字PCR主要有两种：微滴式dPCR（droplet dPCR，ddPCR）和芯片式dPCR（chip dPCR，cdPCR），微滴式dPCR是以伯乐公司产品为代表的，其原里是在PCR反应体系中加入微滴生成油，在微滴生成仪的作用下，将反应体系分割成几万到十几万个油包水的微滴，其目的是将模板DNA分散到微滴中，使得DNA模板在微滴中呈单个分子存在；芯片式dPCR是采用微流控芯片，将芯片分割成几万个PCR反应单元，将PCR反应液注入到芯片中，DNA模板分散到PCR反应单元中，同样使反应单元内的DNA模板呈单分子存在。微滴式和芯片式dPCR都是通过检测扩增后荧光信号呈阳性的反应单元的数量对起始模板进行定量，两种方法都具有可绝对定量、灵敏度高等优点。所不同的是芯片式dPCR体积均一，具有较高的稳定性，反应单元之间影响较小；其不足之处在于操作过程较复杂，由于芯片体积的限制，通量有限；由于芯片为一次性使用的耗材，实验成本较高。微滴式dPCR操作较为简单，可实现多重数字PCR 技术的检测。
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