单杆质谱仪（Single Quadrupole Mass Spectrometer）与三重四级杆质谱仪（Triple Quadrupole Mass Spectrometer）的主要区别在于它们的设计和应用目的。单杆质谱仪主要用于简单的质量筛选，即选择特定质量数的离子进行检测，适用于初步的定性或定量分析。而三重四级杆质谱仪则包含三个串联的四级杆，第一个杆用于选择特定的母离子，第二个杆用于碰撞诱导解离（CID），第三个杆用于检测产生的子离子。这种设计使得三重四级杆质谱仪能够进行更为复杂的多级质谱分析（MS/MS），提供更精确的结构信息和更高的选择性，尤其适用于复杂基质中痕量物质的分析。
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