根据《建设项目竣工环境保护验收技术指南 污染影响类》,对于型号、功能相同的处理测试效率和污染物排放监测时可以抽测,但楼主所提及的数量不满足要求,所以只能全测。
对于验收监测只测是否达标的情况,个人觉得同时测和单台分开测都可以但首先推荐同时测,三台各自注明工况并保证总排口达标即可。其实也有很多工序合并处理排放的情况(如多各工序有机废气收集处理)因为不同时生产也会按时间分开监测保证各自达标也能说明问题。
但如果楼主需要同步测试处理效率时最好在处理设施进出口同步监测,也就是需要各自监测或者三个进口和一个出口同步测,下图引自HJT 373-2007《固定污染源监测质量保证与质量控制技术规范》