蛋白质测序是指测定蛋白质的氨基酸组成和排列顺序,也可以称为蛋白质一级结构分析。目前用于蛋白质氨基酸序列分析的方法可以大致分为基于质谱的方法和非质谱法,Edman降解法是最常用的非质谱法。质谱法和Edman 降解法基于不同的原理实现蛋白质的序列分析,二者所能分析的片段也不同,Edman降解法是针对N末端序列的测序方法,但是对于N端封闭的蛋白质无能为力;质谱法可用于蛋白从头测序、蛋白全序列分析以及蛋白末端(N/C)测序,N端封闭的蛋白质也可测。简而言之,两者最大的区别在于分析的原理以及可以分析的序列不同。