主题：【已应助】请教orbitrap采集二级质谱的问题

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nkmesong

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发表于：2024/05/17 19:33:54 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

请教一下各位大神，想确认一下在orbitrap DDA采集模式下，不管是用normolized还是stepped方法，设置多个CE能量打二级，但最终只能得到一个混合的二级谱是吗，不能得到不同能量下的单一谱图？是不是只能用fixed模式，设置单一能量，一针一针跑才能得到多个能量下的二级质谱图。这个效率是不是太低了啊？我其实是想自建每个物质不同碰撞能量的二级质谱库，感觉这样更合理一些，能增加匹配度，类似agielnt tof那种模式。

另外就是，如果orbit中得到是不同能量下的混合二级谱图，也许他的碎片信息会更丰富，但各个碎片之间的丰度比应该是失真了吧，如何用于搜库呢？这个碎片的丰度比在搜库的的打分算法中是否占的权重就不太合理，如果我打的混合谱图的能量和库里的能量并不完全一样的情况下，是否会影响最后的匹配分数。在mzvault中orbitrap是否能像tof一样，可以使用不同能量的单一谱图去表征一个化合物？

推荐答案：歌名回复于2024/05/20

请教一下各位大神，想确认一下在orbitrap DDA采集模式下，不管是用normolized还是stepped方法，设置多个CE能量打二级，但最终只能得到一个混合的二级谱是吗，-------------------------------------------DDA下得到的二级图不是混合的，是你设置的三个CE，从低到高，那个能敲碎就该
能级下的碎片，几个不同CE并不会都去打，你看二级的时候是能看到碎裂对应的CE的，少数的M/Z是会打两次。
不能得到不同能量下的单一谱图？------------------------------------------------------------------------如果想得到某一能级下碎裂碎片建议不要使用NCE，用CE模式直接设置单个CE值就可以。

另外就是，如果orbit中得到是不同能量下的混合二级谱图，也许他的碎片信息会更丰富，但各个碎片之间的丰度比应该是失真了吧，如何用于搜库呢？这个碎片的丰度比在搜库的的打分算法中是否占的权重就不太合理，如果我打的混合谱图的能量和库里的能量并不完全一样的情况下，是否会影响最后的匹配分数。在mzvault中orbitrap是否能像tof一样，可以使用不同能量的单一谱图去表征一个化合物？------------------------------------------赛默飞的液质好像对碎片丰度比这个东西不是很重视，他的四级杆好像也没有丰度这个说法（个人感觉这玩意还是很重要的，特别是在做植物样本的时候），

，我也觉得不是很合理；但是对于高分辨自建库来说，其实只要特征碎片有就行了，99%匹配出来的数据都是没时间反过来再去核对丰度这些细节的东西