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| 在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。下列的软件，大部分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。网上也有此类各种软件的总结。下面为此类软件的简单介绍： -------------------------------------------------------------------------------- 1.三维分子类 2.DNA分析 3.RNA分析 4.蛋白质分析 5.生化教学 6.生化工程 7.序列格式转换 8.引物分析 9.序列综合分析 10.进化树分析 1.质粒绘图 12.图像处理 13.数据处理 14.检索与阅读 15.基因芯片 16.其他功能软件 17.化学绘图 18.化学应用 19.在线综合工具 20.在线蛋白工具 21.RNA analysis 22.在线引物设计 -------------------------------------------------------------------------------- 1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件 raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本 CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构 PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子 Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能 VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具 gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件 MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图 PLATON：通用结晶学软件工具 Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件 Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具 PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件 StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器 ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包 Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模 Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件 MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件 Amira：高等三维显示建模系统 AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具 Visualize：分子建模和研究软件包 ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具 Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件 -------------------------------------------------------------------------------- 2.DNA分析 DNAClub：DNA处理软件 JaMBW：分子生物学软件包 DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包 pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图 ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件 RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具 ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件 Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件 Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具 DNAssist：DNA序列分析工具 DNAProbe：核苷酸序列设计工具 DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件 DFW：DNA分析软件 Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具 ’ ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器 GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件 Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件 MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件 基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件 ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件 MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具 GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件 GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件 LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件 Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件 Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件 -------------------------------------------------------------------------------- 3.RNA分析 RNAdraw：RNA二级结构分析软件 RNAstructure：预测RNA 级结构图 RnaViz：RNA二级结构图绘制程序 -------------------------------------------------------------------------------- 4.蛋白质分析 ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包 pSAAM：蛋白序列分析软件包 VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件 aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包 -------------------------------------------------------------------------------- 5.生化教学 mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来 linpath.zip：线性酶反应模拟软件 protlab：蛋白质纯化仿真软件 MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序 Biochem：生化教学文件 photo：光合作用教学程序 Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示 Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序 |
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