奇特的是,当TALE即便是与野生型FokI融合产生TALEN,毒性可能很少是一个问题。TALE的脱靶效应尚没有进行仔细分析,但是当使用不是异源二聚体的锌指结构域时,人们能够观察到明显的毒性。对TALE而言,大多数研究都是用它的野生型界面。TALE技术的发明人之一Adam Bogdanove猜测一旦结合到DNA上时,ZFN单聚体可能要比TALEN单聚体有较大的联合倾向,或者锌指串联组成的锌指结构域可能对DNA有较大的非特异性亲和性,从而导致脱靶。
Sangamo生物技术公司也表现出对TALE的兴趣,它也是第一家发表利用TALE转录因子对内源性哺乳动物基因进行调节和利用TALEN对人内源性基因进行修饰的公司。但是Sangamo生物技术公司首席安全官Philip Gregory指出,锌指技术仍然是开发治疗药物的流行技术,而且也是他的公司的主要关注点,但是就TALE而言,讨论它的益处仍然尚早。
Gregory指出十多年的开发让人们对锌指技术有较深的认识,但是TALE则不是这种情况。确实,他声称人们对TALE的兴趣可以直接归结于锌指技术的成功。他预测TALE技术开发也将遵循锌指技术一样的发展路径。他警告道,“如果人们看一下10年前关于锌指技术的文献,很像当今的TALE一样,人们声称它有可塑性的潜力。但是可塑性并不完全是100%保证的。人们将证实TALE完全与锌指技术一样,潜力是好的,但是不是绝对的。”
部分是由于TALE技术处于早期阶段,部分是由于一些人对一种技术或另一种技术既定的兴趣,研究人员对每种技术的相对好处的评估存在差别。那些对锌指技术有很深了解的人们,如Sangamo生物技术公司工作人员,对TALE天花乱坠的宣传无动于衷。Gregory指出锌指技术当下正流行,而且表现出令人难以置信的强健性。另一方面,使用过这两种技术的学术研究人员则不这么认为。TALE技术发明人之一的Dan Voytas谈及锌指技术时说,“喜欢这种技术则会讨厌我们开发TALE技术的方式,我是指很多研究小组进行好几年的研究而开发出公众可以获得的ZFN设计平台。”另一方面,谈及TALE时,他说,“任何有分子生物学技能背景的人都能够在一周之内制造出几种TALE”。
Sangamo生物技术公司的合作伙伴Sigma-Aldrich公司自从2008年以来就提供定制的ZFN服务,并且为每个定制的ZFN标价25000美元而辩护道,“该技术需要全职员工花费6到10周的时间。我们不得不利用
生物信息学从头开始设计,然后查阅锌指模块文档,将它们放在一起,并对它们进行测序以便确认是把所想的东西放在一起,再然后我们大量构建以便获得一个针对某个特定基因的极其高效的切割分子。”
Gregory声称一个熟练的研究人员组装ZFN与组装TAlEN很少有差异。他说,“在相同的时间范围内,我们能都产生研究级的复合物”。
但是由于对TALE的研究时间比较短,未知因素也比较多。在它们当中最为关键的就是由于缺乏太多基础性研究,TALE不能像计划中那样开展。尤其对TALE而言,如果使用一个简单的组装TALEN实验步骤,如果取得成功结果,那还不错,但是如果失败了,人们也不清楚下一步将做什么。而锌指技术的问题则是一旦人们获得ZFNs,它们就是非常特异性的,但是只当人们用它们去开展研究时才发挥作用。
另一个未知因素是TALE在全基因组DNA上的特异性。这个问题还没有得到仔细研究,而且TALE对人细胞的毒性还没有人报道过。
还有一个未知因素就是免疫原性。因为锌指在自然界中是广泛分布的,这可能不是个问题。事实上,Gregory说,“锌指免疫原性非常低。我们不能在任何物种中用锌指制造出抗体,而且也没在参加临床试验的人们或临床前动物研究中观察到存在免疫原性的任何证据”。另一方面,TALE是在植物病原菌中发现的可能在治疗时会存在问题。但是正如加州大学戴维斯分校的Dave Segal指出的那样,“大多数应用,比如CCR5基因(趋化因子CC-基序受体5,也是一种利用ZFN技术在体外CD4+细胞中基因敲除的HIV辅助受体)从没有看到对免疫系统的使用”。
TALE领域大多数参与者对他们把这项技术申请专利的计划都有足够的理由保持沉默,不过迄今为止已经公开的少量专利申请文件和随后的许可行为就已暗示着这方面情况的可能走向。
2009年,破解TALE密码的两个小组中的德国小组是第一个提交专利申请的。这项保护范围写得宽泛的专利涵盖TALE设计和使用的方方面面,包括融合蛋白,而生命科技公司也正是获得这项技术的许可以便开展所有方面的商业应用,但要排除植物方面的商业应用,因为这方面受到双刀片基金会的技术限制。而美国明尼苏达大学/爱荷华州立大学小组是第一个把他们的技术许可给Cellectis公司的小组,在2010年提交专利申请,相关文件最近已经发布。他们的专利关注点在TALEN,它的发明人Adam Bogdanove说,“尽管我们不清楚我们的德国伙伴专利确切包含哪些东西,但是他们已告诉我们他们已经提交关于TALE密码的专利申请。我们把我们在知识产权上的努力集中在DNA上进行位点特异性切割的TALEN上,在我们发现这一密码后不久,我们开始启动了这一发明”。
德国发明人小组成员Jens Boch觉得该技术的核心就是TALE密码,他说,“那就是它的核心,因为你不得不设计一个DNA结合结构域。我们两个小组在破解TALE密码上存在一个关键性差别,该差别在于他们(即Bogdanove小组)是通过
生物信息学得出结论的,而我们则是开展大量实验来证明实际确实如此。从这点来看,我们的论文更多的是原理证明,不过观点基本上是一样。”