我不可能在本文中完全介绍这些基本操作,但是,我可以推荐几本书。第一本书是《分子生物学实验室工作手册》(英文名At the bench: a laboratory navigator)。这本书是生物医学研究生的入门书籍,我认为是必读书之一,而且建议精读三遍以上。本书中译本大约300多页,相对于将要介绍的其它几本书籍要薄很多。它介绍了怎样在实验室与他人相处,怎样建立实验室,怎样写实验记录,实验室的基本操作如试剂的配置、储藏和处理,无菌技术,细胞培养,离心,测PH值,电泳,显微镜的使用等。总而言之,本书基本上囊括了生物医学实验室日常遇到的问题和所有的基本操作,是生物医学研究生首选的入门书籍。我应该是从科学网上马臻 老师那里听到介绍的,不过具体的介绍文章忘记了。
第二本书是《分子克隆》(英文名Molecular cloning: a laboratory manual),本书被誉为分子生物学的圣经,几乎每一个生物实验室都有一本。本书介绍了分子生物学常用实验技术的基本原理和许多protocol。目前已经出版到第三版。第一版出版于 1982年,第二版出版于1989年,第三版出版于2001年。书中提供的protocol很经典,但是有些目前已经改进了。这本书很厚,第三版英文版有2000多页,所以几乎不可能也没有必要精读所有章节,只要阅读自己正在做的实验的相关内容就可以了。
我学习基本实验操作是大一大二的时候,那时候延续了高中时鄙视学校教育的习惯,而且根本不打算做科研,所以这些课程基本上是应付过去的。等到了后来决定做科研,才发现需要学习的基础知识太多太多。我希望有人能系统地教我一遍,可惜这是不可能的。于是,我一直在寻找一本系统介绍实验基础的书。我找了很久很久,直到有一天,当我看到《Current Protocols in Essential Laboratory Techniques》时,我知道我找的就是它。所以,我推荐的第三本书就是它。这本书从怎样量取体积,称取重量,测量PH值,测量浓度等最基本的操作说起,讲到配置溶液,细胞培养,PCR,样本的准备,层析,电泳,印迹实验,显微镜,酶促反应(PCR等)。这本书共有737页,讲的是每天做实验都要遇到的问题,详尽系统却又简明易懂。对于希望学好做实验的人而言,本书必须仔细阅读,对于希望成为实验高手的人而言,本书更应该精读。Current Protocol是Wiley出版社出版的一个实验室手册丛书,是生物医学实验经典丛书之一,目前有16本,包括:Neuroscience, Molecular biology, Microbiology, Immunology, Toxicology, Cell biology等。详见维基百科:http://en.wikipedia.org/wiki/Current_Protocols Current Protocol的分册也是相应学科实验室的重要参考资料。
以上三本书各有特点。《At the bench: a laboratory navigator》为科普性质,是对实验室基础技术的粗略介绍,《Current Protocols in Essential Laboratory Techniques》是对实验室基础技术的详细介绍,而《Molecular Cloning》则是对具体实验的详细介绍。按照“柿子先捡软的捏”的原则,建议先通读《At the bench: a laboratory navigator》,再通读《Current Protocols in Essential Laboratory Techniques》1,2,3,5,9章及正在学习的具体实验的相关章节,加上阅读《Molecular Cloning》正在学习的具体实验的相关章节。通读的时候,标出重点及自己的知识盲点,以后多复习重点和知识盲点几遍直至了然于胸。
Roche Applied Science:化学和生物试剂的主要提供商。找到产品说明书要麻烦一些。仍以糖原为例,Goolge“glycogen,Roche Applied Science”,点击第一个结果:http://www.roche-applied-science.com/proddata/gpip/3_6_6_1_4_1.html,依次点击additional information,Instructions for Use and Material Safety Data Sheets,Catalog Number:11814320001,instructions for use,就可以下载到PDF版的说明书,其中也提供了产品的使用说明。
Methods in molecular biology丛书是生物医学实验的经典丛书之一,由Humana出版社出版。每一个protocol提供概述,实验材料,具体的实验步骤,注意事项等。如果掌握了基本的实验技能,按照这些protocol就基本上可以重复实验。这套丛书自1983年出版以来,已经出版了760卷。
既然有760卷,不可能每一本的质量都很高。我以前买过一本In Situ Hybridization Protocols,就觉得不是很好(那时我还不知道可以在网上预览)。这本书介绍了19个protocol,但却没有一个关于原位杂交的总论。不过,有一个好处就是可以比较不同的protocol,从而更好的理解实验。最近买的这本Drosophila: Methods and Protocols,感觉非常好,爱不释手。这次是预览之后觉得不错才买的。
Springer Protocols则收集了Methods in Molecular Biology, Methods in Molecular Medicine, Methods in Biotechnology, Methods in Pharmacology and Toxicology, and Neuromethods等丛书的protocol,范围更广,包括18000左右个生物医学的protocol。其官方网站是http://www.springerprotocols.com/,可以在线检索并预览。
Protocol以论文的形式发表,一般来自具有丰富经验的实验室,例如我下载的原位杂交的protocol,实验室就用它检测过一千多个基因的表达。论文提供详细的材料(包括哪些试剂有毒,应该怎样保护自己,使用后怎样处理,试剂配置后怎样保存,有效期多久等),具体的步骤,并注明关键步骤、常见问题和解决方法。对于做实验而言,注明关键步骤非常重要!一个很好的优点就是如果实验中遇到问题可以向作者请教。和Methods in molecular biology相比还有一个优点:学校用户可以像下载普通论文一样免费下载。我做的果蝇睾丸的原位杂交,最后就是用了它上面的一篇protocol。缺点也有,就是论文的作者可能没有比较过不同的protocol,因此不一定是最好的;此外,不同的实验室情况不同,在一个实验室可行的protocol,到了另一个实验室可能就不行。我做原位杂交就遇到这种情况,最后还是在这个protocol的基础上做了一些修改。
Google Scholar:
可以对全文进行检索,相比于Pubmend、Web of Scinece而言是一个巨大的优点,因为许多的实验细节都无法从标题和摘要中检索到。利用google scholar,可能检索到实验细节。例如,我对于抗体的稀释度,抗体从哪个公司购买,具体的果蝇line从哪里可以得到,很多时候都是通过google scholar检索到的。