基体在待测物的解吸和电离过程中起着关键的作用： a 从脉冲激光中吸收足够的能量。在所用的激光波长下，基体对激光有较强的吸收，而待测物对激光只有很弱的吸收，被激发的基体分子的热释放使其它基体蒸发，并同时把非挥发性的待测物分子带入气相帮助样品分子解吸; b在离子-分子碰撞中电离样品分子，同时，基体在待测物离子化过程中还作为质子化试剂或去质子化试剂； c 隔离样品分子，保护样品分子不被裂解和防止样品分子聚合。在基体引进激光解吸技术之前，只有低分子量的化合物可被完整地引入气相，而对于高分子量化合物，激光的能量足以使它们分解。基体的加入使得除待测物－基体以外的分子之间的相互作用减少，因此降低了解吸能，解决了大分子的气化问题; d 提供光激发的酸或碱基团。
基质的作用： 1。吸收激光的能量，并将能量传递给被分析物质，产生ion plume。（UV and IR laser have different correspoding matrix. ） 2. 离子化被分析物质。 一般说基质是呈酸性的，质子可以在激光产生的ion plume中附在被分析物上，使之离子化。 3。分离被分析物质。一般在做样品时，被分析物质与基质的摩尔比 大约是4*10-5 左右， 这样以减少dimer 的形成。
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