反相色谱最常用的键合相是 C18(十八烷基硅烷化, ODS) 。 这只是硅胶颗粒表面众多连接烷烃或碳链类型的一种。 其它常用的线性烷烃硅烷化固定相选择还有 C8 和 C4。 苯基,包括苯基–己基与联苯和 AQ、 CN 以及 PFP 固定相,能够提供与直链烷烃固定相明显不同的选择性,以实现成功分离。 还有不断增加的针对某些高水相流动相、或其它应用的键合相选择。
一般来说,较大的溶质,如蛋白质,最好用键合到大孔硅胶(孔径: 300?)的短链反相柱(C3、 CN、二醇)分离。 多肽和小分子用长链柱(C8、 C18)分离。 但在许多情况下,这种规律并不适用。 因此,最好在开始时选择处于疏水谱中间位置的固定相(如 C8),然后根据初步分离结果和样品的溶解性,再采用疏水性更强或亲水性更强固定相。