楼主,个人理解三方面原因:
1、两个标准行业主管部门不同,HJ 91.1-2019是生态环境部,GB/T 5750.2-2006是原卫生部,主管部门不同导致起草和评审专家不同进而思路有区别;
2、两个保存方式对应的分析方法不同,也就是验证时采用的方法不同,HJ 91.1-2019主要对应HJ环保标准分析方法,肯定也是以此为依据进行验证保存条件和时限的,而GB/T 5750.2-2006主要对应GB/T 5750-2006的分析方法,方法不同导致结果有差异是正常的;
3、HJ 91.1-2019针对的是无数样品,GB/T 5750.2-2006针对的是生活饮用水样品。
最后个人建议下保存条件和时限首先选用分析标准中规定的,若无参考相应的采样依据,如污水参考HJ 91.1-2019合适;生活饮用水参考GB/T 5750.2-2006合适。