MALDI技术采用短激光脉冲(1-10ns)使样品分子离子化。样品和基体的混合物(1:1000-1:5000)被置于样品探头上,在激光作用下,基体对激光有较强的吸收而被激发、蒸发,而样品分子对激光仅有弱吸收,基体将样品带入
气相。同时样品与激发态的基体间发生酸碱(M-H+,M+H+)反应,产生离子。早期,没有使用基体的激光解吸,激光使高分子分解,产生多种碎片。在引入基体之后,则解决了大分子的气化问题。MALDI采用的激光波长通常为337nm和10.6m m,激光功率通常为5-20W,但仅有10-4W 的能量用于样品的解吸和离子化,样品的分解几率减小。
ESI 为电喷雾,既样品先带电再喷雾,带电液滴在去溶剂化过程中形成样品离子,从而被检测,对于极性大的样品效果好一些。