主题:【第六届原创】红外光谱检索入门——跟我学KnowItAll

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zwyu
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zwyu老师这学期又开新讲座啦!这次讲的是KnowItAll(神马都知道,囧)。前两次讲座的内容如下:

第一讲——红外镜面反射

第二讲——红外信噪比



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常做红外的人都知道,相对来讲,得到一张红外光谱图并不是很难,但后续的光谱数据分析却往往很难。今天暂时不提高难度的“理论+经验”的人工直接光谱解析,只讲讲符合大众水平的“软件+谱库”的计算机光谱检索。

显然,想要进行光谱检索,有3个必要条件:
①支持红外光谱检索功能的软件,简称软件;
②标准红外光谱数据库,简称谱库;
③待检索的红外光谱数据,简称未知光谱。





进入KnowItAll软件,“欢迎”界面如下图:


图1

这个不用管它,点击左下方红圈中的“data”,进入光谱检索部分:


图2

亲,这个软件是中文版的,有木有!E文不好的筒子们开始泪奔了。(KnowItAll 9.0以上的版本开始有中文版的了)

如果你的主画面还没变成图2那样子,那么点一下左上角红圈中的“SearchIt”,就好啦!现在这个界面就是让你设置你所用的谱库。如果谱库还没有加进来的话,点击右上角红圈中的“高级”,弹出下图窗口:


图3

选择“本地设置”红圈中的“添加”,弹出谱库文件所在文件夹的选择窗口:


图4

激活你要用的谱库所在的文件夹,点红圈内的“选择文件夹”,会自动退回“高级选项”界面,这时你的谱库路径已经加进来了,点击“确定”。

此时,会回到图2所示的界面。在上部已列出的已有谱库中选中你这次检索要使用的谱库,点击“添加”,就加到下部的列表中了(也就是说,上部的列表是你已有的谱库,下部的列表是你这次要用的谱库),如图:


图5

这里需要再次明确一下的是,你只有购买了谱库,才会有可用的谱库。听起来像是废话,但却需要你心里时时铭记。光谱检索,很多时候拼的是谱库够不够多。如果你没有买谱库的话,最多只会有几百张demo的标准光谱。想拿这点东西去做实际的光谱检索,儿戏了。当然,天无绝人之路,你也可以自己制作自己的“标准光谱”,并生成自己的“自建谱库”。这个法子有时候反而是很有用的,特别是你搞的东西比较奇怪,别人都没搞过或搞得很少的时候。这个时候,想买标准谱库都买不到的,只能自建库。(关于自建库,zwyu老师这次不讲,等下次讲座时再讲)

当然,你也可能觉得上述的添加谱库的方法太过繁琐,其实还有不下5种方法可以把谱库加进来。比如,zwyu老师当年最喜欢用的一种,就是在图2界面下直接点击下部红圈中的“浏览”,找到谱库格式的文件,把它加进来,直接就进入下部列表了。再比如,在图3的“高级选项”窗口中,点击“查找DB”,让计算机自动的去找你硬盘中的所有可识别的谱库文件等。当然,这个是懒汉方法了,会搞得路径比较乱,我一般不喜欢用。到这儿,你其实也可以发现KnowItAll软件的一个优点或者说是复杂的地方,那就是“条条大路通罗马”,想干一件事,有很多种方法都能做到,你只用选择其中的一种自己最喜欢、最顺手的方法即可。方法多样性的同时免不了出现的一种状况就是,因为路太多了,新手一下子不知道该怎么走,有点“没头苍蝇”的感觉了。空对着大美人,不知道该怎么下手,这种感觉是最让人发狂和沮丧的了。所以,zwyu老师手拿着原创稿子就出现了。嘿嘿。

谱库设置好之后,你还可以在图5界面右下角红圈的地方设置一下你想要计算机给你返回的匹配结果数,zwyu老师一般设置为前50或100个可能的结果。



下面,就该打开你待检索的“未知光谱”文件了。同样,有很多种办法可以把这个光谱文件导进来,比如逻辑上最直观的“打开光谱”(课堂作业:同学们自己找一下“打开光谱”的图标或菜单在什么地方?)

点击“打开光谱”的图标后,会出现如图的选择窗口:


图6

KnowItAll能够直接打开的红外光谱数据格式如下,基本上是主流红外厂家的格式都支持,不用再做格式转换了。这也是KnowItAll强悍之所在。至于实在不行,中转成通用格式(如txt、CSV、JCAMP)的办法,同学们早已熟知,就不说了。



选择你这次准备检索的光谱数据文件(在下方会显示预览图,方便你确定是否是你要用的那个光谱),点击“打开”。进入下图界面:


图7

这个时候,其实你只要点一下图7右下角红圈中的“检索”,就能开始自动检索了。但是,来上zwyu老师的课,不好那么肤浅的。嘻嘻。在开始检索之前,需要注意一下几个检索参数。

第一个需要注意的参数,所用的检索“算法”,也就是图7上部点蓝了的下拉框中所选的。KnowItAll提供了3种标准算法:欧氏距离、欧氏距离的一阶微分、相关系数。一般选用“欧氏距离”,这种算法主要强调的是“峰下面积”,所以对主峰、强峰的判断有利;如果对“峰位”的要求很高,可以选用“欧氏距离的一阶微分”;如果你的待检索光谱做的效果很差,特征峰很不明显,那么推荐可以尝试一下“相关系数”。


图8

第二个需要注意的参数,图7左下角红圈中的“基线校正”选项。如果你做的光谱基线不好,那就可以把这个选项勾选上,软件会在检索之前自动对你的待检索光谱做“基线校正”的预处理。当然,对于绝对自信的高手,往往喜欢自己做手动基线校正,KnowItAll软件也支持,可以一键转至“RefineIt IR”中,对待检索光谱做任意的预处理。看看下图上部红圈中的家伙式,何止是满清十大酷刑啊!绝对是让你的光谱站着进来,躺着出去。。。关于RefineIt IR的具体细节,这一次不讲,有待下次再说。


图9

第三个需要注意的参数,就是图7上部红圈中的“检索光谱为ATR”选项。我们知道,用ATR附件做出来的光谱,其高低波数的峰相对强度和普通的透射光谱不一样,一般需要进行所谓的“ATR校正”才能与透射光谱直接进行比较。所以,如果你待检索的光谱是ATR光谱,不妨把这个选项勾选上,让软件在检索之前自动对你的待检索光谱做“ATR校正”的预处理。同样,喜欢自己事事亲力亲为的朋友,可以手动在“RefineIt IR”中进行该步处理。

当然,还有光谱检索的“包含范围”和“排除范围”的设置,后面再讲吧。该进行检索了,同学们都等不及了。



好吧,准备好了吗?让我们开始华丽丽的检索吧!!点击图7右下角红圈中的“检索”,出现检索进度条,同时会显示已检索到的最高匹配指数。如果这个指数能上800,同学们,就准备偷着乐吧。今夜有戏~


图10

检索完成后,会给出如下图所示的界面:


图11

软件会默认按照“匹配指数”从高到低的顺序,给出前50或100个结果(前面讲过了,具体是多少个是你自己设置的。如果你的谱库有几万张以上的光谱,你又勾选了“所有匹配”,那么,恭喜你,你这会儿就会看到上万个结果排起了长队,其声势丝毫不亚于晚高峰期间的北京二、三环的车流。乃慢慢等吧!要HOLD住,不要路怒。。。)

当然,子曾经曰过,“人脑比电脑聪明得多”。所以,软件给出的这个结果,到底是不是排的越靠前的就是越靠谱的呢?答案往往是否定的。这个结果,只供“参考”!你可以在这些结果中往下找一找,通过比对未知光谱和标准光谱的峰位、峰形、相对峰强,必要时放大谱图观察局部细节等手段,来人为最终确定哪一个更像一些(找不到感觉的小盆友们,就权当这是你在陪一个懒得动脑子的小女生去玩她最喜闻乐见的“找不同”游戏,大家一起来找不同!这是一件灰常有爱的事情,反正zwyu老师当年是没少干)。往往,你会发现,真正的最匹配的结果不是头一个,就像你最终的“真命天子”往往不是你的初恋一样。


图12

根据个人习惯,你可以在图11红圈中选择让未知光谱和标准光谱堆叠、重叠或偏离显示,方便你的比对判断。


图13

而且,同学们可能也发现了,在图11和图12的右边部分,详细列出了当前所激活的标准光谱所对应物质的化学名、来源、商品名、制样方法,甚至还有分子式、分子量、化学结构式、熔点、密度。。。(当然,根据标准光谱所属谱库的不同,并不是总能同时具有所有项目的信息)。这也是为什么Sadtler谱库能被业内公认为最好红外谱库的原因之一了。它除了准确的红外谱图信息外,同时会给出其它多项属性,便于你根据你已知道的样品的某些信息来辅助判断该样品是不是就是当前所搜到的这个标准光谱所对应的物质。甚至,有的还会链接有该标准物质对应的核磁谱图、质谱谱图等等(可惜这个“多谱联用技术”需要更高版本的KnowItAll软件和额外核磁/质谱谱库的支持,zwyu老师这儿没有,无法演示)。

在检索结果列表中,你也可以按不同的属性对这些结果排序。默认的是按“匹配指数”(HQI)从高到低的顺序进行排列,你也可以让它从低到高,或者按“名称”排序等。或者干脆增加一列你所关心的其它属性,并按其排列等。


图14


图15


图16

有时,一下子列出来这么多可能的结果,反而是“乱花渐欲迷人眼”,红果果地挑战着你的判断力,俗称“挑花眼了”。这时,你可以让电脑帮你找找所有这些可能结果之间的“异同点”,通过电脑帮你勾画出的“大同”和“小异”,方便你明察秋毫,透过现象看本质。


图17

所有结果的“共同点”(下图中红色轮廓线所示):


图18

当然,还有很多功能。比如在检索结果上直接标峰、峰朝上的吸光度形式变成峰朝下的透过率形式、直接调出任意一张已有光谱进行比对等。(图标分别见下图上部的三个红圈。你的鼠标只要放到图标上,会自动出现中文提示的,所以这么多功能不怕你记不住)


图19

直接标峰:


图20

变换光谱形式(这个地方其实还可以改变光谱颜色、线条宽度、排列顺序、坐标字体等):


图21


图22

直接插入一张已存光谱进行比对:


图23

同学们感兴趣的话,还可以在“摘要”界面下看到你本次检索的用时、检索谱库数、总光谱数、匹配结果数和最高匹配指数。


图24

好了,到这里最基本的红外光谱检索就讲的差不多了。下面准备简单讲一下提高班的内容——混合物光谱检索。

休息,先休息一下。zwyu老师找个沙发坐坐。。。

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不要走开,休息之后更精彩!

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下面,进入提高班的部分。小明,你不感兴趣的话,可以回家吃饭了。。。

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如果待检索的光谱是混合物的红外光谱,那么情况就会麻烦一些。很多同学以前碰到这种情况,可能就直接退缩了。但是,到了zwyu老师这儿,“耐克+李宁”,总会捣鼓出一些办法的。今天,zwyu老师就教给同学们三种方法来处理这种混合物检索的情况。

混合物光谱检索第一招:光谱差减


光谱差减,或者说“差谱”,是红外光谱数据处理中比较古老、常见的一种手段了。简单来讲,就是你测到的光谱可能是“A+B”的,你又刚刚好知道其中肯定有A的光谱,如果你想看看有没有B的存在,那就可以用“A+B”-“A”。这就是“差谱”处理的含义。具体到谱图上,类似下图(上面是A,下面是A+B):


图25

只需点击图25红圈中的图标,就会弹出“光谱差减”窗口(记得点“预览”呦)。通过调整“差减因子”的大小,来实时观察差减效果,以差谱特定区域(对应A的吸收峰位置)尽量变平为宜。


图26

觉得扣的差不多的时候,就一键转到SearchIt(其实一开始就可以在“SearchIt”里去差减,不过zwyu老师习惯在“RefineIt IR”中做数据处理罢了),会弹出让你选择导入哪张光谱的提示,当然是导入差减后的光谱了。


图27


之后的操作就和普通的光谱检索一样了,对刚才的差谱进行检索的结果如下,和预期的结果非常吻合:


图28

混合物光谱检索第二招:限定范围


有的时候,前面的“光谱差减”会出现差减效果不好的情况,特别是你的光谱本身做的不好,质量较差的时候,很难差减干净。所以啊,按照zwyu老师一贯的“随性风格”,根本不用差减,直接“限定范围”好了。可以根据A、B两种物质出峰区域不同的情况,采取指定光谱检索的“排除范围”或“包含范围”,让检索只在B的区域(或B的某一些特征峰区)内进行即可,如图:


图29


上面是直接在谱图上下的“范围栏”内拖动实现的,你也可以“手动编辑光谱区域”(上图红圈),这样可以精确的设定数值,更关键的是,可以把这些区域保存下来,下次直接调用就好了。(这个地方你也可以用来排除红外光谱中常见的讨厌的CO2和水峰)


图30


限定好范围之后,下面就是老套路了,直接检索之。怎么样,这个方法是不是很简单?


图31

混合物光谱检索第三招:Mixture Analysis


下面,让我们进入提高班课程中最神奇的部分——“Mixture Analysis”(混合物分析)。KnowItAll软件有专门应对混合物光谱分析的模块:Mixture Analysis(从下图左侧红圈进入)。利用这个工具,可以对混合物光谱进行直接检索,软件会自动给出全部可能的组分,你不需要事先告诉它里面有A、有B、有C。。。你唯一需要做的,只是告诉它一个数字,“最多有几种组分”(2~4之间,组分越多,会检索的越慢),如下图:


图32

混合物直接检索的结果:


图33

这个地方,软件会自动把它认为最可能的几种组分放到一块,并拼出一张数学上的“模拟光谱”。这个模拟光谱与你的待检索光谱越像(即两者相减的“残存光谱”越平),软件就认为这种组合越接近最优结果。并且,与普通光谱检索类似,它会根据“匹配指数”从高到低的顺序,给出前50或100种可能的组合。


图34

当然,这里需要明确一点的是,软件自动给出的每种组分的“权重”系数,只是一种数学上的“定性”计算系数,并不意味着你的混合物光谱中每种组分所占的实际分量,也就是不能拿来直接“定量”。这是因为,谱库中的每张标准光谱都经过了“归一化”处理,抹去了对应物质的摩尔吸收系数的差异。另外,由于红外方法本身特点的限制,每种组分的含量应在20%以上,才会得到预期的满意结果。

上面是含2种组分混合物的例子,我们再来看一个含3种组分的混合物光谱直接检索的例子:


图35


图36

怎么样?神奇吧!用人工方法一般都拟合不到这么好的。

好了,KnowItAll软件和红外光谱检索博大精深,zwyu老师课堂上只能是点到为止了。希望感兴趣的同学们在课下按照秘籍,自行苦练,早日成功!


“师傅领进门,修行在个人”,zwyu老师的老师是这么说的。与诸君共勉!

下课。

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  点名,点名啦!请听完讲座的同学跟帖签到!胆敢翘课的小明,嘿嘿,乃准备颤抖吧!

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2011/10/9 16:01:00 Last edit by zwyu
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下面,进入课后练习部分。请学有余力的同学积极参与!

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有兴趣的朋友可以跟帖上传各位手里典型样品的原始红外数据文件,我来试着用KnowItAll检索一下,并将结果在本楼实时更新。

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实例1:先看wxd54810770版友某树脂样品的检索结果:



结果显示该样品可能是固化环氧树脂。

实例2:sunlinggang版友的样品,经检索可能是羧酸:



实例3:拿我自己曾经show过的特氟龙来验证一下,测试结果OK,就是特氟龙:

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2011/12/3 17:24:34 Last edit by zwyu
yjun
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这个原来是有教育版的,你可以去看看啊~

http://www.knowitall.com/academic/

我记得以前学校有萨特勒的红外图库,纸版的。好家伙,两架子!红外和紫外都有,不知道现在还会不会有人去查了……
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2011/10/7 21:13:27 Last edit by phillyrin
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yjun
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申请上了,幸好读研时学校给的邮箱一直都能用!!!
能用700天,对照教程练习下印象深刻,否则过几天就忘了,
zwyu
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能用700天啊!我以前上学那会的试用版只能用几个月。

看官网上说,这个版本是全功能的,那基本就跟我现在用的这个差不多了。

yjun版友安装上了么?能用不?

phillyrin
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应该没有问题的。我以前申请的教育版是可以用3年的。不过当时searchit模块有点儿问题,总是非法操作。后来就投奔了ACD阵营了。
现在因为仪器的关系,只有使用bruker的份儿了。其实我一直很哈尼高力的。
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