主题：【已应助】Topas-academic使用求助

我也是最近刚开始做水泥水化产物定量分析的，要不互加一下，有问题可以交流交流。

可以内标法，非晶相的定量分析
最近才研究，

1.这款软件只能用Launch mode吗？我看视频上是GUI mode（也许免费版的就是要麻烦些）。

>TOPAS Academic只能用Launch mode , 布鲁克的DIFFRAC.TOPAS两者都可以用  TOPAS Academic也不是免费的  你可能用的是某人的盗版

2.对于配置INP文件，我是先Load Emission Profile、设置Bacground、Load Instrument Details、设置Correction，然后Load CIF、把物相里的a,b,c,beta...改为Refine，site中原子的特殊位置改为分数形式。之后就是File——Export INP file。如此一套下来是不是就算完整的设置自己的INP文件了？之后的操作就是在Launch中Set INP file，就可以点开始拟合按钮了。根据拟合的情况再设置择优取向修正，这时我直接在拟合后的物相中勾选择优取向后再进行拟合软件总会报错，而当我把第一次拟合后的结果删除后再勾选择优取向、再保存为INP文件后软件才可以进行，

>TOPAS Academic只能用Launch mode ,  所有输入必须从INP文件导入




但是结果看来我选定的晶面并没有被修正择优取向。这些是否是我操作错误导致的？我对INP文件的导出和设置是否有问题？还有就是我看视频上都是一步一步进行精修，而像我上述这种一次都勾选完了进行精修肯定有问题，但一步一步勾选的话软件总会报错怎样的操作才是正确的？

> TOPAS自带精修顺序 可以一次精修所有参数  如需要在Academic里一步一步精修, 可在INP文件中逐步添加@ 符号  如 a @ 2.176

3.这款软件是否可以进行非晶相的计算，我看视频中都是插入一个代表非晶相的峰，而我想用内标法，具体该如何做？

>在内标相str内用"spiked_phase_measured_weight_percent 10" 标明加入了10 wt.%的内标, 在其他相中用corrected_weight_percent 0 ,精修后会更新该相在掺入内标后的混合物的重量百分含量, 在所有str上面, xdd以下用weight_percent_amorphous 0  精修后会更新无定形相在掺入内标后的混合物的重量百分含量

原文由 iangie(iangie) 发表:
1.这款软件只能用Launch mode吗？我看视频上是GUI mode（也许免费版的就是要麻烦些）。

>TOPAS Academic只能用Launch mode , 布鲁克的DIFFRAC.TOPAS两者都可以用  TOPAS Academic也不是免费的  你可能用的是某人的盗版

2.对于配置INP文件，我是先Load Emission Profile、设置Bacground、Load Instrument Details、设置Correction，然后Load CIF、把物相里的a,b,c,beta...改为Refine，site中原子的特殊位置改为分数形式。之后就是File——Export INP file。如此一套下来是不是就算完整的设置自己的INP文件了？之后的操作就是在Launch中Set INP file，就可以点开始拟合按钮了。根据拟合的情况再设置择优取向修正，这时我直接在拟合后的物相中勾选择优取向后再进行拟合软件总会报错，而当我把第一次拟合后的结果删除后再勾选择优取向、再保存为INP文件后软件才可以进行，

>TOPAS Academic只能用Launch mode ,  所有输入必须从INP文件导入




但是结果看来我选定的晶面并没有被修正择优取向。这些是否是我操作错误导致的？我对INP文件的导出和设置是否有问题？还有就是我看视频上都是一步一步进行精修，而像我上述这种一次都勾选完了进行精修肯定有问题，但一步一步勾选的话软件总会报错怎样的操作才是正确的？

> TOPAS自带精修顺序 可以一次精修所有参数  如需要在Academic里一步一步精修, 可在INP文件中逐步添加@ 符号  如 a @ 2.176

3.这款软件是否可以进行非晶相的计算，我看视频中都是插入一个代表非晶相的峰，而我想用内标法，具体该如何做？

>在内标相str内用"spiked_phase_measured_weight_percent 10" 标明加入了10 wt.%的内标, 在其他相中用corrected_weight_percent 0 ,精修后会更新该相在掺入内标后的混合物的重量百分含量, 在所有str上面, xdd以下用weight_percent_amorphous 0  精修后会更新无定形相在掺入内标后的混合物的重量百分含量

请问您这些语句是在哪里添加的？

抱歉，我实在是找不到，我知道Topas加密狗版本里加入内标物旁边会有按钮让表明是内标物及其含量。

但是这个学术版是不是需要先插入一个峰来标记非晶相，就是这一步不清楚怎么做的。能否上传一些您精修的详细步骤，感谢！

原文由 Insp_3af65199(Insp_3af65199) 发表:

请问您这些语句是在哪里添加的？

抱歉，我实在是找不到，我知道Topas加密狗版本里加入内标物旁边会有按钮让表明是内标物及其含量。

但是这个学术版是不是需要先插入一个峰来标记非晶相，就是这一步不清楚怎么做的。能否上传一些您精修的详细步骤，感谢！

在INP里加的啊

你传个INP 我可以给你改

原文由 iangie(iangie) 发表:

在INP里加的啊

你传个INP 我可以给你改

版主大大，第一个附件是我修的水泥的Pro文件，我按照手册上的弄了之后精修的时候报错了..能帮我看看是什么问题吗？（我没有自己写INP文件，而是按按照先Load Emission Profile、设置Bacground、Load Instrument Details、设置Correction，然后Load CIF、把物相里的a,b,c,beta...改为Refine，site中原子的特殊位置改为分数形式。之后就是File——Export INP file，来进行设置的，不知道这样是否正确。）详见附件cement1.zip

若我把有问题的物相删掉，再运行一遍就可以拟合了，但是Rwp达23..详见附件cement2.zip

第二个是我的砂浆精修，我大概选了几个物相的结构文件添加了进去，主要目的是进行非晶相的定量，我打算内标法，但是还没测添加内标物后的衍射数据，这周会测完再来请教您，能否先按照我已有的数据讲一下怎么通过编写Inp来进行非晶相的定量，详细数据见附件paste.zip

原文由 xyz0402(Insp_3af65199) 发表:

版主大大，第一个附件是我修的水泥的Pro文件，我按照手册上的弄了之后精修的时候报错了..能帮我看看是什么问题吗？（我没有自己写INP文件，而是按按照先Load Emission Profile、设置Bacground、Load Instrument Details、设置Correction，然后Load CIF、把物相里的a,b,c,beta...改为Refine，site中原子的特殊位置改为分数形式。之后就是File——Export INP file，来进行设置的，不知道这样是否正确。）详见附件cement1.zip

若我把有问题的物相删掉，再运行一遍就可以拟合了，但是Rwp达23..详见附件cement2.zip

第二个是我的砂浆精修，我大概选了几个物相的结构文件添加了进去，主要目的是进行非晶相的定量，我打算内标法，但是还没测添加内标物后的衍射数据，这周会测完再来请教您，能否先按照我已有的数据讲一下怎么通过编写Inp来进行非晶相的定量，详细数据见附件paste.zip

都不知道怎么吐槽了....磨都没磨细你就想做定量分析.... 你们厂的水泥都不磨细的吗? 大粒大粒的石英都在砂浆里.... 难怪样品高度差那么多.... 好多物相都没找到...

Cement1.INP 把Portlandite里的H+1改成H就可以run了

Cement2.INP 直接就可以Run 不知道你遇到什么  要添加Prefer Orientation 就在对应物相str的最后一行加 Preferred_Orientation(@, 1,, 0 0 2) 最后的0 0 2是择优取向的hkl方向一定要用空格间隔

Paste.INP里把C+4改成C H+1改成H 就能run了 你要注意看topas.log最后一行的错误提示嘛

下面是怎么算amorphous的paste.inp例子, 精修后在.out文件中会更新这些值. (不需要在GUI中插峰, 插峰只是为了fit无定形馒头峰好看而已)

r_exp 0 r_exp_dash 0 r_wp 0 r_wp_dash 0 r_p 0 r_p_dash 0 weighted_Durbin_Watson 0 gof 0
iters 1000
xdd PNP-1.raw
        r_exp 0 r_exp_dash 0 r_wp 0 r_wp_dash 0 r_p 0 r_p_dash 0 weighted_Durbin_Watson 0 gof 0
        range 1
        bkg @ 0 0 0 0 0 0
        One_on_X(@, 1000)
        Zero_Error(@, 0)
        LP_Factor( 0)
        Rp 250
        Rs 250
        Slit_Width( 0.1)
        Divergence( 1)
        axial_conv
                filament_length  12
                sample_length  15
                receiving_slit_length  12
                primary_soller_angle  2.5
                secondary_soller_angle  2.5
                axial_n_beta  20
                axial_del  0.0053
        Absorption(@, 100)
        weight_percent_amorphous 0
        lam
                ymin_on_ymax  0.0001
                la  0.0159 lo  1.534753 lh  3.6854
                la  0.5791 lo  1.540596 lh  0.437
                la  0.0762 lo  1.541058 lh  0.6
                la  0.2417 lo  1.54441 lh  0.52
                la  0.0871 lo  1.544721 lh  0.62
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Hatrurite
                MVW( 0, 1128.03, 0)
              corrected_weight_percent 0
                space_group R3mH
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 7.135,@ 25.586)
                site Ca1 num_posns 0 x  0.488 y  -0.488 z  0.001 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca2 num_posns 0 x  0.826 y  -0.826 z  -0.111 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca3 num_posns 0 x  0.509 y  -0.509 z  -0.225 occ Ca+2  1 beq  1
                site Si1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Si+4  1 beq  1
                site Si2 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.213 occ Si+4  1 beq  1
                site Si3 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.784 occ Si+4  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.385 occ O-2  1 beq  1
                site O2 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.504 occ O-2  1 beq  1
                site O3 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.627 occ O-2  1 beq  1
                site O4 num_posns 0 x  0.057 y  -0.057 z  -0.057 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O5 num_posns 0 x  -0.13 y  0.13 z  -0.007 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O6 num_posns 0 x  0.223 y  0.148 z  0.032 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O7 num_posns 0 x  0.016 y  -0.016 z  -0.276 occ O-2  0.1 beq  1
                site O8 num_posns 0 x  -0.128 y  0.128 z  -0.199 occ O-2  0.1 beq  1
                site O9 num_posns 0 x  0.241 y  0.13 z  -0.188 occ O-2  0.1 beq  1
                site O10 num_posns 0 x  0.032 y  -0.032 z  -0.152 occ O-2  0.23 beq  1
                site O11 num_posns 0 x  -0.131 y  0.131 z  -0.219 occ O-2  0.23 beq  1
                site O12 num_posns 0 x  0.234 y  0.137 z  -0.241 occ O-2  0.23 beq  1
                site O13 num_posns 0 x  -0.032 y  0.032 z  -0.845 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O14 num_posns 0 x  0.131 y  -0.131 z  -0.778 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O15 num_posns 0 x  0.137 y  0.234 z  -0.756 occ O-2  0.3333 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name C2S
                MVW( 0, 345.81, 0)
                corrected_weight_percent 0
                space_group P121/n1
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                a @ 5.5121
                b @ 6.7575
                c @ 9.3138
                be @ 94.581
                site Ca1 num_posns 0 x  0.2276 y  0.3435 z  0.4304 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca2 num_posns 0 x  0.2203 y  0.9979 z  0.7018 occ Ca+2  1 beq  1
                site Si1 num_posns 0 x  0.268 y  0.7806 z  0.4193 occ Si+4  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0.2195 y  0.0077 z  0.4424 occ O-2  1 beq  1
                site O2 num_posns 0 x  0.4753 y  0.7496 z  0.3083 occ O-2  1 beq  1
                site O3 num_posns 0 x  0.0158 y  0.6728 z  0.3619 occ O-2  1 beq  1
                site O4 num_posns 0 x  0.3431 y  0.6757 z  0.5718 occ O-2  1 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Calcite
                MVW( 0, 369.93, 0)
              spiked_phase_measured_weight_percent 20
                space_group R-3cH
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 4.98,@ 17.224)
                site Ca1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Ca+2  1 beq  1
                site C1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0.25 occ C 1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0.2558 y  0 z  0.25 occ O-2  1 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Portlandite
                MVW( 0, 54.82, 0)
              corrected_weight_percent 0
                space_group P-3m1
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 3.5918,@ 4.9063)
                site Ca1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Ca+2  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x =1/3; :  0.3333333333 y =2/3; :  0.6666666667 z  0.234 occ O-2  1 beq  1
                site H1 num_posns 0 x =1/3; :  0.3333333333 y =2/3; :  0.6666666667 z  0.4256 occ H  1 beq  1

原文由 iangie(iangie) 发表:

都不知道怎么吐槽了....磨都没磨细你就想做定量分析.... 你们厂的水泥都不磨细的吗? 大粒大粒的石英都在砂浆里.... 难怪样品高度差那么多.... 好多物相都没找到...

Cement1.INP 把Portlandite里的H+1改成H就可以run了

Cement2.INP 直接就可以Run 不知道你遇到什么  要添加Prefer Orientation 就在对应物相str的最后一行加 Preferred_Orientation(@, 1,, 0 0 2) 最后的0 0 2是择优取向的hkl方向一定要用空格间隔

Paste.INP里把C+4改成C H+1改成H 就能run了 你要注意看topas.log最后一行的错误提示嘛

下面是怎么算amorphous的paste.inp例子, 精修后在.out文件中会更新这些值. (不需要在GUI中插峰, 插峰只是为了fit无定形馒头峰好看而已)

r_exp 0 r_exp_dash 0 r_wp 0 r_wp_dash 0 r_p 0 r_p_dash 0 weighted_Durbin_Watson 0 gof 0
iters 1000
xdd PNP-1.raw
        r_exp 0 r_exp_dash 0 r_wp 0 r_wp_dash 0 r_p 0 r_p_dash 0 weighted_Durbin_Watson 0 gof 0
        range 1
        bkg @ 0 0 0 0 0 0
        One_on_X(@, 1000)
        Zero_Error(@, 0)
        LP_Factor( 0)
        Rp 250
        Rs 250
        Slit_Width( 0.1)
        Divergence( 1)
        axial_conv
                filament_length  12
                sample_length  15
                receiving_slit_length  12
                primary_soller_angle  2.5
                secondary_soller_angle  2.5
                axial_n_beta  20
                axial_del  0.0053
        Absorption(@, 100)
        weight_percent_amorphous 0
        lam
                ymin_on_ymax  0.0001
                la  0.0159 lo  1.534753 lh  3.6854
                la  0.5791 lo  1.540596 lh  0.437
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                la  0.0871 lo  1.544721 lh  0.62
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Hatrurite
                MVW( 0, 1128.03, 0)
              corrected_weight_percent 0
                space_group R3mH
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 7.135,@ 25.586)
                site Ca1 num_posns 0 x  0.488 y  -0.488 z  0.001 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca2 num_posns 0 x  0.826 y  -0.826 z  -0.111 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca3 num_posns 0 x  0.509 y  -0.509 z  -0.225 occ Ca+2  1 beq  1
                site Si1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Si+4  1 beq  1
                site Si2 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.213 occ Si+4  1 beq  1
                site Si3 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.784 occ Si+4  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.385 occ O-2  1 beq  1
                site O2 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.504 occ O-2  1 beq  1
                site O3 num_posns 0 x  0 y  0 z  -0.627 occ O-2  1 beq  1
                site O4 num_posns 0 x  0.057 y  -0.057 z  -0.057 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O5 num_posns 0 x  -0.13 y  0.13 z  -0.007 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O6 num_posns 0 x  0.223 y  0.148 z  0.032 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O7 num_posns 0 x  0.016 y  -0.016 z  -0.276 occ O-2  0.1 beq  1
                site O8 num_posns 0 x  -0.128 y  0.128 z  -0.199 occ O-2  0.1 beq  1
                site O9 num_posns 0 x  0.241 y  0.13 z  -0.188 occ O-2  0.1 beq  1
                site O10 num_posns 0 x  0.032 y  -0.032 z  -0.152 occ O-2  0.23 beq  1
                site O11 num_posns 0 x  -0.131 y  0.131 z  -0.219 occ O-2  0.23 beq  1
                site O12 num_posns 0 x  0.234 y  0.137 z  -0.241 occ O-2  0.23 beq  1
                site O13 num_posns 0 x  -0.032 y  0.032 z  -0.845 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O14 num_posns 0 x  0.131 y  -0.131 z  -0.778 occ O-2  0.3333 beq  1
                site O15 num_posns 0 x  0.137 y  0.234 z  -0.756 occ O-2  0.3333 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name C2S
                MVW( 0, 345.81, 0)
                corrected_weight_percent 0
                space_group P121/n1
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                a @ 5.5121
                b @ 6.7575
                c @ 9.3138
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                site Ca1 num_posns 0 x  0.2276 y  0.3435 z  0.4304 occ Ca+2  1 beq  1
                site Ca2 num_posns 0 x  0.2203 y  0.9979 z  0.7018 occ Ca+2  1 beq  1
                site Si1 num_posns 0 x  0.268 y  0.7806 z  0.4193 occ Si+4  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0.2195 y  0.0077 z  0.4424 occ O-2  1 beq  1
                site O2 num_posns 0 x  0.4753 y  0.7496 z  0.3083 occ O-2  1 beq  1
                site O3 num_posns 0 x  0.0158 y  0.6728 z  0.3619 occ O-2  1 beq  1
                site O4 num_posns 0 x  0.3431 y  0.6757 z  0.5718 occ O-2  1 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Calcite
                MVW( 0, 369.93, 0)
              spiked_phase_measured_weight_percent 20
                space_group R-3cH
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 4.98,@ 17.224)
                site Ca1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Ca+2  1 beq  1
                site C1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0.25 occ C 1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x  0.2558 y  0 z  0.25 occ O-2  1 beq  1
        str
                CS_L(@, 200)
                r_bragg  0
                scale @ 1e-005
                phase_name Portlandite
                MVW( 0, 54.82, 0)
              corrected_weight_percent 0
                space_group P-3m1
                Phase_LAC_1_on_cm( 0)
                Phase_Density_g_on_cm3( 0)
                Trigonal(@ 3.5918,@ 4.9063)
                site Ca1 num_posns 0 x  0 y  0 z  0 occ Ca+2  1 beq  1
                site O1 num_posns 0 x =1/3; :  0.3333333333 y =2/3; :  0.6666666667 z  0.234 occ O-2  1 beq  1
                site H1 num_posns 0 x =1/3; :  0.3333333333 y =2/3; :  0.6666666667 z  0.4256 occ H  1 beq  1

谢谢您的耐心指导，收获很多！

我这些粉末都研磨后过200目的筛子了，我怕磨的太细会不会有些物相就更难找到。

我看视频里都是一步一步的精修，这个academic版是先正常运行一边，如果Rwp过高那就只能添加择优取向再运行么？择优修正后如果还是达不到10%是不是就没办法了？

原文由 xyz0402(Insp_3af65199) 发表:

谢谢您的耐心指导，收获很多！

我这些粉末都研磨后过200目的筛子了，我怕磨的太细会不会有些物相就更难找到。

我看视频里都是一步一步的精修，这个academic版是先正常运行一边，如果Rwp过高那就只能添加择优取向再运行么？择优修正后如果还是达不到10%是不是就没办法了？

过了200目的石英相的强度不会出现如此的择优取向

Rwp高是因为很多峰都没有物相对应, 也就是说物相都没找全

还有不知道你用的什么探测器 信噪比很低

磨细了重新慢扫描一次可以方便你寻相, 重新扫的谱也更容易得到小的Rwp, 垃圾谱有各种实验误差可以造成的Rwp高

一步一步精修那是老一辈无产阶级革命家用Fullprof GSAS 等免费算法的习惯  TOPAS一次精修几百个谱你也去一步一步精修吗?

原文由 iangie(iangie) 发表: 过了200目的石英相的强度不会出现如此的择优取向 Rwp高是因为很多峰都没有物相对应, 也就是说物相都没找全 还有不知道你用的什么探测器 信噪比很低 磨细了重新慢扫描一次可以方便你寻相, 重新扫的谱也更容易得到小的Rwp, 垃圾谱有各种实验误差可以造成的Rwp高 一步一步精修那是老一辈无产阶级革命家用Fullprof GSAS 等免费算法的习惯    TOPAS一次精修几百个谱你也去一步一步精修吗?

很受用，十分感谢！
还有一个问题，做非晶相的定量只需要把您的那个语句加进去吗？不需要标记非晶峰么？那软件会自动识别漫散射造成的“馒头峰”？