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X射线衍射仪（XRD）

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主题：【已应助】结构文件相关

浏览0 回复6 电梯直达

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发表于：2021/07/14 10:13:36 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

请问从Findit导出的cif文件load进Topas时，弹出如下提示：

Error loading sstring. in

at { H }, unknown or misplaced keyword at LINE: 65

See log file .

结构文件中缺少H的位置信息，去COD网站上却也找不到相应的结构文件，这样的物相碰到好多个了，放了几个在附件1中；

还有一些结构文件中有这样的位置信息，例如附件2：

Wat11 0.15300 0.10100 0.19400 1.00000 0.03300
Wat12 0.17100 0.63900 0.19200 1.00000 0.03500
Wat13 0.65800 0.38500 0.19500 1.00000 0.03800
Wat14 0.65900 0.86100 0.19000 1.00000 0.03800

这里的Wat代表什么？

分析数据时我一般用Jade和HighScore Plus，但有时某些物相找不到对应的结构文件，例如附件3。

以上这些情况是不是只能自己去编写结构文件？我编写结构文件用的是VESTA，其中Structure parameters我能从一些文献中找到，但是在编辑Bonds时却不知道怎么办了，编辑界面见附件4。

数据分析时被这些问题困扰了好久，虽然也找了一些资料去看，但自己做的时候总被它们卡住，本版的大多数帖子我都看了，解决了我先前工作中的很多问题，但我提到的这几个还未见有相关的讨论贴，在此希望各位大神能施以援手，不胜感激！

附件：

附件4.zip

附件3.zip

附件1.zip

附件2.zip

推荐答案：iangie回复于2021/07/15

既然是提醒了没有H 离子的位置你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

不然就花钱买更完整的数据库

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2021/7/14 22:55:19 沙发管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题就是把S 6 选成S 就可以算了
wat 明显就是water 呐

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2021/7/14 22:56:52 板凳管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 iangie(iangie) 发表:你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题就是把S 6 选成S 就可以算了wat 明显就是water 呐

我就是google下载的Topas academic。

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2021/7/15 10:54:30 马扎管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

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2021/7/15 23:33:23 地毯管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 iangie(iangie) 发表:
既然是提醒了没有H 离子的位置你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

不然就花钱买更完整的数据库

学到了！H离子对最终定量分析的结果没有影响，这我就放心了，谢谢版主！

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2021/9/3 17:26:04 地板管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 iangie(iangie) 发表:
既然是提醒了没有H 离子的位置你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
有没有H 离子对XRD的影响不大
TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

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版主您好，能否麻烦您根据我上传的这篇文章帮我制作一个文中对应物质的cif结构文件，我按照您告诉我的方法在软件中一个个输入原子的位置信息，但是运行时候提示我“Error reading to char "”

附件：

mesbah2011.pdf

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