首先，对于整个MS系统而言，真空度是分级的。在电离室（和色谱相联的地方）的真空度不是很高。真正高的地方是质量分析器。它们之间是由带小孔的档板阻隔的。其次，LC-MS使用的是大气压电离（API），包括了ESI,APCI and APPI。顾名思义，电离是在常压下进行的。所以对于LC系统来说，和接UV没什么两样。分析物从流动相中变成气态离子的过程比较复杂，就不在这多说了。GC-MS使用的是电子（轰击）电离（EI）。需要一定的真空度。所以对于GC系统来说，需要保持一定的密闭性，毛细管柱和MS的接口，毛细管柱本身和进样口都应当注意。一旦有比较严重的漏气，整个GC-MS系统就无法正常运转。
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