主题：【第十六届原创】OpenChrom软件使用介绍4-保留指数计算和对比

OpenChrom软件使用介绍4-保留指数计算和对比

上次说过OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如Windows，macOS，Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法，核对质谱结果，谱库文件检索。https://bbs.instrument.com.cn/topic/8254675

本篇介绍保留指数文件创建和计算，以及保留指数对比。

1. 创建保留指数校正文件

在Processors菜单下面的Create Retention Index File。

图1 创建保留指数校正文件

但这种创建保留指数校正文件需要许多步骤，需要Calibration Settings，Open Chromatogram (MSD) Files，Peak Selection，Peak Assignment，需要校验正构烷烃化合物等，比较麻烦繁琐。本篇介绍一张非常简单的创建保留指数校正文件方法。

保留指数校正文件的格式为XXX.cal。里面内容如下例子：

图2 保留指数校正文件

可以按照图2的格式来建立一个写字板模板。可以增加或删去的正构烷碳数数据。另存为XXX.CAL文件。注意存文件时候，文件类型请选择“所有文件类型”，不可以选择“文本类型”。其实这个保留指数校正文件格式和Amdis的保留指数校正文件格式一样的，如果您有Amdis的RI校正文件，也可以直接使用。当然也可以使用Amdis 的RI校正文件的建立方法来建立保留指数校正文件。

图3 保存保留指数校正文件

2 保留指数校正文件设置

要使用保留指数校正功能，需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference，进入个性化设置。

路径：

Chromatography/Spectrometry----Calculators>Retention Index>Calculator，点击，打开Calculator。点击右上角的Add

图4 保留指数校正设置

找到需要添加的保留指数校正文件，Open，添加即可。

图5 添加保留指数校正

点击Apply and Close。这样就添加了保留指数校正文件。

图6 添加保留指数校正文件

3. 数据文件计算保留指数

流程如下：

调用GCMS数据文件，参见前面第一篇文章。

峰检出，在色谱上面右键点击，Peak Detector>First Derivative。

峰积分，在色谱图上面右键点击，选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。

峰鉴定，在色谱图上面右键点击，选Peak Identifier> NIST(extern)或Library File（MS）。

参见前面第一或第三篇文章。

保留指数计算：在色谱图上面右键点击，选Chromatogram Calculator，选择Retention Index Calculator (Scan and Peaks)

图7 保留指数校正计算

这样在左上角的Peak/Scan List里面就有已经计算的RI值了，例如保留时间为10.256min的峰的RI为1049。

图8 保留指数校正计算结果

4. 化合物保留指数校对

在左下角的targets里面可以看到前面选中的化合物谱库里面的保留指数为1036，这个极性WAX柱子，可以认为此化合物的保留指数符合要求，正反质谱匹配度为94.9，可以确认这个检索结果。

图9 保留指数校正计算结果和谱库保留指数对比

5. 关于检索结果里面的化合物保留指数使用柱子极性的选择

对于NIST Search检索，在Options菜单选择Library Search Options。

图10 NIST Search结果的柱子极性选择

图11 NIST Search结果的柱子极性选择

在RI（GC）下面打勾，根据实际使用的柱子，选择柱子极性，非极性（例如DB-1），弱极性（例如DB-5）或极性（例如DB-Wax）。

图11 NIST Search结果的柱子极性选择

这样才能在检索结果里面看到检索到的化合物的谱库保留指数了，就可以用于结果对比。

6 其它

可以在文件检索下面的penalty calculation选择Retention Index。

图12 文件检索使用RI校验

第四部分完。