主题:【第十六届原创】OpenChrom软件使用介绍4-保留指数计算和对比

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symmacros
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OpenChrom软件使用介绍4-保留指数计算和对比




上次说过OpenChrom是一款用于色谱,质谱,光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式,支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统,例如Windows,macOS,Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法,核对质谱结果,谱库文件检索。https://bbs.instrument.com.cn/topic/8254675

本篇介绍保留指数文件创建和计算,以及保留指数对比。

1. 创建保留指数校正文件

在Processors菜单下面的Create Retention Index File。



图1 创建保留指数校正文件




但这种创建保留指数校正文件需要许多步骤,需要Calibration Settings,Open Chromatogram (MSD) Files,Peak Selection,Peak Assignment,需要校验正构烷烃化合物等,比较麻烦繁琐。本篇介绍一张非常简单的创建保留指数校正文件方法。

保留指数校正文件的格式为XXX.cal。里面内容如下例子:



图2 保留指数校正文件




可以按照图2的格式来建立一个写字板模板。可以增加或删去的正构烷碳数数据。另存为XXX.CAL文件。注意存文件时候,文件类型请选择“所有文件类型”,不可以选择“文本类型”。其实这个保留指数校正文件格式和Amdis的保留指数校正文件格式一样的,如果您有Amdis的RI校正文件,也可以直接使用。当然也可以使用Amdis 的RI校正文件的建立方法来建立保留指数校正文件。



图3 保存保留指数校正文件



2 保留指数校正文件设置

要使用保留指数校正功能,需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference,进入个性化设置。

路径:

Chromatography/Spectrometry----Calculators>Retention Index>Calculator,点击,打开Calculator。点击右上角的Add



图4 保留指数校正设置

找到需要添加的保留指数校正文件,Open,添加即可。





图5 添加保留指数校正



点击Apply and Close。这样就添加了保留指数校正文件。



图6 添加保留指数校正文件



3. 数据文件计算保留指数

流程如下:

调用GCMS数据文件,参见前面第一篇文章。

峰检出,在色谱上面右键点击,Peak Detector>First Derivative。

峰积分,在色谱图上面右键点击,选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。

峰鉴定,在色谱图上面右键点击,选Peak Identifier> NIST(extern)或Library File(MS)。

参见前面第一或第三篇文章。

保留指数计算:在色谱图上面右键点击,选Chromatogram Calculator,选择Retention Index Calculator (Scan and Peaks)



图7 保留指数校正计算



这样在左上角的Peak/Scan List里面就有已经计算的RI值了,例如保留时间为10.256min的峰的RI为1049。



图8 保留指数校正计算结果



4. 化合物保留指数校对

在左下角的targets里面可以看到前面选中的化合物谱库里面的保留指数为1036,这个极性WAX柱子,可以认为此化合物的保留指数符合要求,正反质谱匹配度为94.9,可以确认这个检索结果。



图9 保留指数校正计算结果和谱库保留指数对比




5. 关于检索结果里面的化合物保留指数使用柱子极性的选择

对于NIST Search检索,在Options菜单选择Library Search Options。



图10 NIST Search结果的柱子极性选择





图11 NIST Search结果的柱子极性选择




在RI(GC)下面打勾,根据实际使用的柱子,选择柱子极性,非极性(例如DB-1),弱极性(例如DB-5)或极性(例如DB-Wax)。



图11 NIST Search结果的柱子极性选择



这样才能在检索结果里面看到检索到的化合物的谱库保留指数了,就可以用于结果对比。

6 其它

可以在文件检索下面的penalty calculation选择Retention Index。



图12 文件检索使用RI校验



第四部分完。
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symmacros
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白小天2333
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老师您好,请教一下:使用openChrom的时候,质谱图好像只能显示色谱峰上某一个时间点的图;如果我想看一段时间(就是整个峰,从开始时间到结束时间)的质谱情况,应该如何操作呢?
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