主题:【第十七届原创】利用高分辨GC/Q-TOF创建高分辨精确质量谱库

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利用高分辨GC/Q-TOF创建高分辨精确质量谱库



越来越多的实验室将高分辨气质应用到了香精、食品风味的分析中,但是高分辨质谱与NIST库中低分辨的质谱图区别很大,低分辨质谱图中碎片质量一般为整数位、丰度为同整数的加和,而高分辨质谱图中碎片质量最少精确至小数点后4位、能显示不同碎片的精确质量,高分辨质谱在化合物定性中准确性有着天然的优势。所以,在日常工作中建立自己的高分辨精确质量谱库很有必要,本文简单介绍两种高分辨谱库的创建方法,包括PCDLNIST MS Search。

步骤:

1. 采集标准品GC/Q-TOF数据,推荐使用单标,如果使用混标,需保证所有目标化合物均实现基线分离。标样浓度一般0.5-1.0 ppm,浓度过高会导致响应高的离子信号饱和而影响质量准确度,浓度过低会导致相应低的离子信号过差,也会影响质量准确度。对于香精、食品风味分析,推荐建立一个保留时间锁定的方法来采集数据。



2. 配置软件界面,调用default.m方法,在配置菜单下,选择用户界面设置,设置为适合TOF数据分析的界面。



3. 在Masshunter中打开数据,建立数据分析方法,在化合物探索>>按积分查找中设置参数,多数参数可以维持默认,在提取质谱图的设置窗口设置需要的参数,建议提取质谱图时,提取峰上的平均质谱图,并且以峰起点和终点的均值为背景扣除,另外还需注意避开信号饱和的区域。电荷态中,将同位素分组的预期数据电荷状态范围勾上,填上1。排除质量里面,如果质谱采集范围包含了空气,可以将N2、O2的质量排除,也可以排除一些柱流失碎片质量。



4. 方法编辑器中,识别,识别工作流程里面添加NIST数据库、如果需要计算保留指数RI,将总是计算GC/MS结果的RI勾上,并选择RT-RI转换校正文件。



在生成分子式中,“允许的种类”只勾选正离子中的“-电子”,不需要监测负离子;“元素和限值”中可以输入组成化合物的常见元素,定义元素的个数限值。



电荷态和前面设置一样,“碎片分子式”中,设置参数让软件自动对检索得到的碎片离子生成分子式,在这里面用峰高过滤器过滤掉一些比较小的碎片离子峰,默认0.1%,如果待测化合物的响应较强,不建议开始设置比较低的阈值,若质谱图中一些有用的离子被过滤掉了,可以根据需要再进行调整。最大峰数量上限的初始参数也是100,如果样品浓度过低,一些有用的碎片离子被过滤掉了,可以进一步优化该参数。



在组合识别结果中,可以根据实际情况调整各项检索分数所占最终结果的权重,GC/Q-TOF中不涉及DB的打分,该项设置为0,可以适当增加谱库检索分数权重,降低MFG(分子式)分数权重。



设置好上述全部参数后,保存方法。

5. 提取目标化合物,进行谱库检索,对目标化合物定性并生成分子式。在方法自动处理,工作流程中,选择化合物探索,化合物挖掘选择按积分查找;时间范围,根据需要选择。最后,点击运行方法工作流程的按钮。



如果检索出的化合物有无,可以在化合物视图中的化合物识别结果中选择合适的结果。



6. 在MS1峰选项卡中可以显示质谱图的碎片离子列表,在表格区域的任意位置右击选择“编辑峰注释”可以对这些离子信息进行必要的修改。



蓝色的列可以编辑,如果误差(ppm)过大,说明软件自动计算的分子式有误,可在分子式列中输入正确的分子式,或者将离子类型改为“未知”。通常并不需要逐一检查所有的离子,可以对照NIST数据库中该化合物的标准谱图,重点关注化合物的分子离子峰和响应最强的前20个碎片离子。注意,同位素峰族,质量数偏差“误差(ppm)”一般只计算其主峰离子。



7. 建立高分辨精确质量谱库,可以用安捷伦的PCDL创建,也可用NIST MS Search软件创建。

7.1 PCDL库的创建

打开PCDL软件,点击file>>new创建新的PCDL库,type选择General,点击Create。



回到masshunter分析好了的目标物的界面,右击>>发送至PCDL。



在对话框中,PCDL路径选择需要导入的PCDL库,质谱图窗口中“最小基峰峰高”根据实际情况设置,滤掉响应过低的离子。注释过滤器中,一般勾选“分子式标注的峰值”,可以排除一些不恰当碎片离子。m/z选项中,选择“计算m/z(如存在),否则为观察m/z”,可以保证谱库中离子精确质量数的准确性。点击发送。



在PCDL界面,点击Find Compounds,就可以看到发送过来的质谱数据了。在PCDL>>Allow Editing可以启动编辑,对化合物的信息进行编辑。PCDL库建好后,可以在未知物分析软件将此库添加进方法中,进行筛查。



7.2 NIST Search中建立高分辨库

回到masshunter分析好了的目标物的界面,在目标化合物界面右击,选择导出。在弹出的窗口中,文件类型选择mzdata.xml,点击确定。



打开NIST MS Search软件,点击File>>Open,选择刚刚导出的mzdata.xml文件,打开。



在弹出的对话框中,点击Import Options,在对话框,选上“Accurate m/z”,RI type选择用到的对应柱子极性,点OK,回到前面,点击import all或import selected。弹出的对话框,Overwrite表示覆盖打开的列表,Prepend表示在当前列表中追加。



在NIST MS Search软件进入Librarian界面,可以看到刚刚打开的质谱图。点击创建谱库,输入谱库名称,点击OK。



双击列表中的质谱图名称,在弹出窗口中可以添加化合物的相关信息Additional Info中可以添加界面没有的信息,编辑完成后点击Add to Library,选择刚刚自建的高分辨谱库,RI type选择对应的极性,点OK后就将该质谱图添加进了自建的谱库。



要在NIST MS Search软件中使用自建的谱库,点击软件菜单栏中Option,在弹出的窗口中,Libraries下将自建的谱库点击Add选进Included Libs中,最后点击确定。以后在使用NIST MS Search软件进行谱库检索时就能用上自建的谱库。安捷伦的软件无法直接调用NIST MS Search的谱库,其他厂商比如赛默飞、雪景全二维的软件能直接调用NIST MS Search的谱库。因此,NIST MS Search建立的谱库通用性更强。

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原文由 symmacros(jimzhu) 发表:好办法。我对高分辨数据头疼,处理运行时间比较长,费精力。
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原文由 Ins_11cac202(Ins_11cac202) 发表:
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Ins_11cac202
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原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
非靶向分析可以用未知物分析软件suremass算法也是运行时间久,也许样品复杂的原因。
相对于单杆质谱的分析时间是有所延长的,毕竟高分辨质谱的数据文件本身就很大的,另外电脑配置高点的话能快些。
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