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主题：【第十七届原创】SCIEX QTRAP 5500 BenchMarker标准操作规程

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zhangyongmei
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发表于：2024/10/03 22:55:56 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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1. 目的

利用BenchMarker做好机器日常状态的监测。

2.实验原理

BG可以监测质谱仪的灵敏度以及LC的分离效率。

3.操作步骤




3.1 MRM-EPI实验

3.1.1 进样2μl,20fmol BG on column，有效梯度45min；

3.1.2 确认方法无误，

nanoflex下选择方法：BG_benchmarker_20f_MRM_nanoflex ch.dam，

ultra下选择方法：BG_benchmarker_20f_MRM_ultra.dan；

3.1.3 建立batch，以日期_20f_MRM_nanoflex(or ultra).wiff文件命名；

3.1.4 提交batch，点击[img=,22,]file:///C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/ksohtml2036/wps2.jpg[/img]，开始方法采集。

3.2 EMS-EPI实验

3.2.1 进样2μl,20fmol BG on column，有效梯度45min；

3.2.2 确认方法无误，

nanoflex下选择方法：BG_benchmarker_20f_EMS_nanoflex.dam，

ultra下选择方法：BG_benchmarker_20f_EMS_ultra.dan；

3.1.3 建立batch，以日期_20f_EMS_nanoflex(or ultra).wiff文件命名；

3.1.4 提交batch，点击[img=,22,]file:///C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/ksohtml2036/wps3.jpg[/img]，开始方法采集。

4.质量标准与评估

质量指标名称

质量指标

测量方法

MRM最高峰信号强度

Xe5

MRM-EPI实验

MRM峰型

基本对称

MRM-EPI实验

MRM峰宽

15~25S

MRM-EPI实验

最亲水肽段保留时间

MRM-EPI实验

最亲水和最疏水肽段保留时间差

6min以上

MRM-EPI实验

Conf>95%肽段数量

EMS-EPI实验

50%Conf下的序列覆盖度

EMS-EPI实验



5.参考文献及资料

AB SCIEX QTRAP[img=,23,]file:///C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/ksohtml2036/wps4.jpg[/img] 5500 System Installation Guide

6．注意事项

6.1仪器正常运行时，禁止接触离子源和打开离子源盖，避免受到高温、高压和激光伤害；

6.2 操作过程中根据《华大基因化学品安全手册》（BGI-PI-SOP02-001）要求做好防护措施，防止有机试剂造成危害；

7. 附录

附录A：实验仪器设备

附录B：实验试剂和耗材

附录C：试剂配制方法

附录D：修订记录表

附录A.实验仪器设备

仪器名称

型号

厂家

QTRAP5500QTRAP5500AB SCIEX




附录B.实验试剂和耗材

试剂

试剂名称

型号

厂家

乙腈HPLC 4LFisher Chemical
纯水 millpore
甲酸HPLC 50ml迪马
Beta-Galactosidase,Digested72.8μg/vailAB SCIEX


耗材

耗材名称

型号

厂家

离心管1.5ml爱思进
枪头10μl、200μl、1000μl爱思进







附录C试剂配制方法

附录1.1储液：向72.8μg Beta-Galactosidase,Digested的瓶内加入625μl的标准稀释液（0.1% 甲酸水），浓度为1pmol/μl,涡旋震荡至少30s，稍微离心使液体至管底，2μl/tube分装后，-80℃保存；

附录1.2终溶液：2μl/tube储液取出后，稍微离心，加入198μl 0.1%FA，涡旋震荡至少30s，离心至少10s使液体至管底，4℃使用，使用时间为3天。
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2024/10/4 0:50:15 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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