二级结构?还是做cd吧。
不知道你做过核磁没有?如果没有的话,你先要对蛋白进行标记(13C、15N)如果你的蛋白结构好,不是很flexible,就可以开始收集核磁数据了,你需要做一系列的三维核磁才能完成backbone和部分sidechain的化学位移的归属,然后根据CSI可以判断二级结构。如果你自己有仪器,应该连续半个月可以完成这些实验,出去做估计得一万吧(不包括数据处理,还有就是人家半个月不能做自己的实验)。至于化学位移归属,看你对核磁处理软件的熟悉程度了。前面蛋白标记还不好说要多少时间你才能得到足够量的样品呢。看你没做过蛋白核磁,干着毕业的话就不要想了。除非你能在很短时间完成标记,找到作protein NMR的课题组合作。