LC-MS还是LC/MS/MS?如果只是LC/MS,是不可以做蛋白质组学的
LC/MS/MS分3种,一种是LC 离子阱型的,一种是Q-TOF,还有就是FT型(包括Orbitrap)
LC 离子阱型的有
Thermo LCQ/LTQ
Bruker HCT
Agilent
ABI Q-TRAP (更适合于定量)
真不记得Waters有类似的仪器,如果忘记,就对不起了
无论哪类仪器,都不不是主流产品,分辨率太差,假阳性率很高
LC-Q-TOF型
ABI Qstar
Bruker micrOTOF-Q
Agilent 6520, ....
Waters Q-TOF
仪器各有千秋,不过更适合做小分子,iTRAQ结果不错,label free也可以
直接那样品去试,比较结果
该类仪器比较适合做精细研究,如基于de novo sequencing的PTM等
LC-FT
Thermo Orbitrap/FT
Bruker FT
Varian FT
Orbitrap没有性价比不错。但也有致命问题,不能做ECD (Top down proteomics),二级的分辨率和离子阱一模一样,所以de novo 效果不好。
所有的FT都不适合做Label free
关于定量,现在没有比较好的方法,SILAC最稳定,但只能做细胞,Label free最有前途,但对LC的稳定性有较高的要求
原文由 anna_nrgrl 发表:
我们单位要做蛋白组学,可是自己又是新手,最近一直在联系几个公司想买一台LC-MS, 但是又不知道哪个厂家的最合适。现在可以供考虑的就是:
1)Thermo-fisher (和finnigan是不是一家啊?)
2) varian
3) waters
4) agilent
5) shimadzu
其实如果不考虑品牌,不考虑预算,主要想知道哪一种mass analyser(或者串联的)最适合于做蛋白组学(定性,定量),哪位大虾知道的话告诉我吧。
还有就是:obitrap这种mass analyser的应用主要在哪些方面呢?好像是比较新的技术,成熟么?谢谢了