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核磁共振技术（NMR）

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主题：脯氨酸的化学位移

浏览0 回复19 电梯直达

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celan

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2005/6/29 22:17:00 12楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 liusky 发表:
是的，从很多脯氨酸的NMR来看，他的同碳上的两氢是不等同的。由于现在做的一些大环肽化合物，其中某些脯氨酸H的位移大大脱离了正常范围，只是猜测是不是一些脯氨酸在这些大环中出现了顺反异构。当然理论上顺反异构是可以从NOESY判断出来的，不过分子过于复杂，TOCSY，NOESY的crossing peaks太多，以前用的500MHz的仪器峰的重叠很严重，现在用700之后可以区分峰的归属，但是判断顺反仍然不足。如果有一些肽中脯氨酸顺反异构的化学位移文献做参考就方便多了。

TOCSY，NOESY的crossing peaks太多,确实不好辨认,建议用selective TOCSY,
NOE差谱.
我记得你在讨论NOE差谱时曾交流过你的经验,这时候不是可以用上了吗?祝您好运.
其实有时候"风水来回转",1D谱解决不了的问题,要做2D,由于化合物的原因,有些2D谱也不好分清楚,又要转到1D谱.不过此1D非彼1D,而是1D selective TOCSY和1DNOE差谱等,这要根据图谱的具体情况选用合适的脉冲实验.
您说:如果有一些肽中脯氨酸顺反异构的化学位移文献做参考就方便多了.那的确是.要亲自参考原文献,找出自己所需要的数据才最放心.
参考意见啦.

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liusky

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2005/7/2 8:39:00 13楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

多谢汪老师的建议，其实在操作1D TOCSY和NOESY时候是有局限性的。我现在能自己操作的最好的仪器只是一台500MHz with cryoprobe，分辨率比700MHz的差了很多，一些峰分得更加困难。例如对1DNOE，选择峰之后会覆盖附近50Hz的区域，带来了很大困难。不过我会试试的，多谢。

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celan

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2005/7/2 9:32:00 14楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

小心地选择照射功率,缩小"覆盖面积",对于向您这样复杂(信号密集)的样品,即使有经验的测试者也要反复试验照射,每次实验的图谱都要进行比较,选择好的结果.这比做一般的实验麻烦的多.难为你了,相信你会成功的.
如果有条件,可扎个模型,更直观.我做构象分析时,通常那模型配合,就可以一边实验,一边分析.

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yanxz

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2005/7/4 21:29:00 15楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

其实你这么孤立地说cis- trans 是有人不理解。你想说的这种cis trans是特指在蛋白质或多肽中的情况，即形成肽键后Pro的N-Ca的取向。如下图所示

（对不起，发言太少，声望太低，可直接去下面地址看：（http://www.bioscience.org/2005/v10/af/1536/figures.htm）。在蛋白质中多数情况下Pro以trans出现，但在少数情况也会出现cis的，这会导致蛋白质的不同构象，通常都隐含着功能上的不同。这篇文章（http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/html/Cell_SimulationsSS05/SuggestedReadingV4/V4-Mallis_NSB02.pdf）就是讲的这个问题）。cis和trans会导致不同的构象，当然会影响到相应的化学位移，不单是本身的，更重要的是邻近残基的，如果2种构象同时存在，在15N-1H HSQC中会看到部分2套峰。

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