双向电泳
1. 向电泳玻璃板内加入胶条时,先在缝隙中加入配好的溴芬兰缓冲液,要加满,再将胶条贴后面玻璃板壁用薄塑料片将胶条缓缓推下至凝胶上缘,这样可以很好的避免胶条下形成空气泡。
2. 一向电泳时,盐离子容易聚在胶槽的两侧,剪一小段IPG胶条放在两侧,构成盐桥,电压就容易上去了,避免一向电泳不好影响最后实验结果。。
3. 在做第一相等电聚焦分离的时候,如果空气湿度大,除湿很重要(可通过空调或除湿机),要不等电聚焦仪起的镀金电极会因为冷凝在上面的水汽产生电火花而烧坏。。
质粒提取
1. 质粒提取时,最后一步的酒精挥发对后续酶切等至关重要,尽量延长挥发时间,最好是在空调的热风中挥发。
2. 加速燥的方法,70%乙醇清洗过后,再加无水乙醇清洗再倒掉无水乙醇,加速挥发。。
3. 利用试剂盒中硅胶柱手提质粒,手提质粒时,配置的溶液一、溶液二、溶液三(代替试剂盒的solution1、2、3),然后一比一的与饱和碘化钾或碘化钠(代替结合缓冲液)混合,就可以让质粒在硅胶上结合,而只要是一样的质粒,试剂盒的硅胶柱可以重复使用,没有试剂盒溶液量的限制。。
4. 质粒提取的最后一步用TE(水)洗硅胶时,一般是加水后放置一分钟,再离心收集DNA。可以加水后当即离心,再次把离心收集的液体重新加到硅胶柱上,放置一分钟,离心,这样得到的质粒的回收率要高出10~30%,另外,同一种质粒,用过的柱子可以反复使用(5次)。 。
Western Blot
1. Western Blot在摸索一抗、二抗浓度,封闭时间,曝光时间等条件时,可以一次转膜后,将膜晾干,裁减成小块保存,每次取一小块进行条件摸索,可以避免每次都重新跑胶、转膜甚至是重新提取蛋白,可以节省大量时间。
2. Western Blot时,转膜后暂存晾干的膜于4℃条件下比将蛋白保存在Buffer中更可靠。。
溶液配制
1. 培养基试剂等配制过程中可先将各成分配成母液,并在常用试剂瓶上写上该试剂配方,方便配制。
2. 剧毒物质配制过程中,以往是先根据要配的浓度与所需体积算好待称物质的量,其实可以先称好有毒物质,再去调整溶剂的体积,以避免长时间与有毒物质接触。。
PCR、酶切、连接并进行凝胶检测。
1. PCR,酶切时,可以将反应液除模板,引物,酶的其他成分配预混合制成Mix形式,储贮在-20℃冰箱中,用时取出分装,可以避免每次条件不均。。
2. 菌落或菌液直接PCR时,预变性的时间延长至5min,效果较好。
3. PCR的循环参数的第一步都是94或95度预热3~5分钟,延伸一般都是72℃,按照这些参数做PCR一般都可以做出来,但在长片段PCR(>2kb)中,由于DNA模板在94℃高温20秒以上就会发生脱嘌呤反应,当taq酶遇到模板上的这些错误时就会停下来从而使反应不能继续进行,时间越长,模板损坏也越严重,得不到产物的可能性也越大,另外,对于我们实验中用到的许多taq酶来说,72℃并不是其最佳的反应温度。如Takara LA酶的最适反应温度是68℃,采用92℃预热3分钟,95℃变性15-20秒,退火后于68℃延伸取得很好的效果,扩过最长的片段为10kb。。
4. 双酶切时,两个酶单独酶切效果要好很多。在第一个酶切完成后,将体系热失活(根据说明书,一般65℃,20min),再进行第二个酶切。。
5. 提高酶切效率的方法,将要进行酶切的质粒DNA直接放于95℃的水浴锅中10 s,取出自然放冷,再加样进行酶切。
6. 高GC含量的酶切位点如NotI,应该用甲基化缺陷的宿主菌如E.coli Top10等。
7. 用酶切作检测时,在微波炉里面加热1min即可跑胶检测,双酶切可以考虑2min,但酶切不够充分,回收量可能不够。
8. 琼脂糖凝胶跑完后可以二次点样。。
9. 跑胶过程中,先100V电压跑约15min,再将电压调大至120-130V,进行较小差异电泳,可以避免大片段残存在胶孔不动的情况,跑出来的带较为漂亮且省时。。
10. 做连接时,连接buffer一定要避免反复冻融,可在第一次用时就分装成小份,三次以上冻融会大大降低连接效率。
RNA提取与检测