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主题：【第十六届原创】OpenChrom软件使用介绍6_Process处理过程使用

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symmacros
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Chromcycle发表于：2023/09/25 08:59:23 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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OpenChrom软件使用介绍6_Process处理过程使用




前面说过OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如Windows，macOS，Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法，核对质谱结果，文件检索，保留指数计算及校对，Amdis解卷积应用。本篇介绍Process处理过程使用。

在第一篇介绍了GCMS数据处理的基本流程，即下面的三部曲。

调用GCMS数据文件，参见前面第一篇文章。

峰检出，在色谱上面右键点击，Peak Detector>First Derivative。

峰积分，在色谱图上面右键点击，选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。

峰鉴定，在色谱图上面右键点击，选Peak Identifier> NIST(extern)或Library File（MS）。

参见前面第一或第三篇文章。

这样的方式处理数据，需要至少3步的操作来完成。如果加上峰过滤，就还需增加一个操作步骤。本篇介绍处理过程方法，把几个处理操作整合在一起，一次完成。

1. 创建process method处理过程方法

使用前也要对Preference，个性化设置进行相应的设置。

1.1在Processors菜单打开Create Process Method



图1 打开Create Process Method




1.2 选择要处理的数据类别

选择数据类别，例如光谱，不同色谱检测器的数据。对于GCMS数据，选择MSD (quadrupole, IonTrap, …)，Finish。



图2 选择要处理数据类别





图3 Process Method


把文件改一下，例如PM_test，Save。注意Process Method处理过程方法的文件名后缀为ocm。


图4 处理过程方法



点击右上栏下面的绿色加号，Add a process method添加一个处理过程方法。



图5 处理过程方法


首先添加峰检出方法。注意处理过程方法设置的次序必须是峰检出，峰积分，峰检索。Setting设置，Process Entry，在Category。选择Peak Detector。

图6 选择处理方法


在Process选择First Detective

图7 选择峰检出方式


Finish


图8 选择峰检出方式


Finish，可以看到峰检出的方法已经加入到第一行。

图9 添加峰检出方式


同样方法添加积分器。

图10 添加峰积分器


图11 添加峰积分器


同意方法，来添加峰检索

图12 添加峰检索


图13 添加峰检索


同理，如果使用峰过滤Peak Filter（按要求过滤部分不需要的峰）。

图14 添加峰过滤



最后，点击*PM_test.ocm[MSD]，OK，保存process method处理过程方法。



图15 退出并保存



2. 使用process method处理过程方法

点击右上方的Show the method toolbar工具按钮。



图16 方法按钮



在第二行可以看到method工具栏。



图17 方法工具栏





图18  选择方法路径



点击选择方法目录Select the method directory



图19 选择方法路径



Select Folder。

调用方法：在方法工具栏前面选择前面建立的处理过程方法PM_test.ocm。



图20 选择处理过程方法



点击绿色箭头，加载处理过程方法。



图21 加载处理过程方法



处理过程方法在运行。



图22 处理过程方法运行



过一会后（处理时间取决于数据大小和电脑快慢），就可以看到经过峰检出，峰积分和峰检索的结果了。



图23 峰检出，峰积分和峰检索结果





图24 Peak/Scan List



这样处理GCMS数据更为快捷省事。

第六部分完。
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symmacros
jimzhu
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