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孔雀石綠是有毒的三苯甲烷類化學物,既是染料,也是殺菌劑,可致癌。它是帶有金屬光澤的綠色結晶體,可用作治理魚類或魚卵的寄生蟲、真菌或細菌感染,對付真菌Saprolegnia特別有效,魚場的魚卵會感染這種真菌。孔雀石綠也常用作處理受寄生蟲影響的淡水水產。
對脂鯉和鯰魚等海產來說,孔雀石綠有高度毒性、高殘留等副作用,故使用時,通常只下一半份量。
孔雀石綠中的化學功能團三苯甲烷可致癌,很多國家已經禁用,但仍有漁民在防治魚類感染真菌時使用,也有運輸商用作消毒,以延長魚類在長途販運中的存活時間。雖然於2002年5月中國農業部已將孔雀石綠列入《食品動物禁用的獸藥及其化合物清單》,但於2005年8月,福建、江西及安徽等地出口的鰻魚產品,被驗出含有孔雀石綠,國家質檢總局首次下令全面回收,數日後香港更發現多種淡水魚含有孔雀石綠,中國因此禁止所有淡水魚出口到香港。
孔雀石綠可用作生物染色劑,把細胞或細胞組織染成藍綠色,方便在顯微鏡下研究。孔雀石綠也用作絲綢、皮革和紙張的染料。雖然稱作孔雀石綠,但其實它不含有孔雀石的成份,只是兩者顏色相似而已。