向大家请教几个问题
1. 在使用MALDI-TOF的时候，为什么大分子量的蛋白质可以被有效分析，而大于80bp的DNA分析的效果不好？
2. Electrospray-TOF和MALDI-TOF在分析蛋白质的时候有那些区别？
3. 质谱用于蛋白质测序中的几种方法及原理？

先道谢！
本人对蛋白质分析实在是不熟悉。请解答的详细一些！再次致谢！

推荐答案：littlehai回复于2009/11/11

好多问题..我来帮着楼上回答..从后往前吧

质谱进行蛋白测序有两种，一种是酶切的，一种不酶切的

不酶切的也分两种，一种是基于MALDI的，利用ISD将蛋白从N端和C端碎裂，分别对N端和C端测序，如蛋白小于80残基，可基本完成测序；另一种是基于高分辨ESI质谱，利用CID+ECD/ETD将蛋白质完全解析，然后对其进行序列分析。
酶切的方法也不少，基本思路就是利用双酶切或多酶切，对各个肽段分别MS/MS解析，最后再拼在一起。

ESI在分析小分子(分子量小于1000时）通常会以单价态离子存在，不过也要看分子性质，如果分子容易结合质子（如含多个氨基），就很容易形成多价态离子。即使分子不含氨基等基团，如果其质量较大，体积过大，也会形成多价态。
电离条件、溶液酸碱性等因素也会影响价态分布，不过这些只是影响其分布，如果要想排除多价态，比较靠谱的方法还是修饰，改变分子性质。

钠离子为啥干扰峰型呢？这主要是针对低分辨质谱而言的。对于低分辨质谱，无法分辨蛋白质[M+H]+峰和[M+Na]+峰，两者重叠在一起会导致峰变形，干扰其分子量测定。
那为啥换成NH4+就不干扰了呢？因为很多时候Na+比H+更容易与分子结合，而H+比NH4+容易结合，所以在NH4+盐条件下，仍会形成[M+H]+而非[M+NH4]+，而且如果真的形成了[M+NH4]+，也很不稳定，很容易脱氨而形成[M+H]+。

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2009/11/9 15:19:43 沙发管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

1.DNA由于含有大量磷酸根,很容易结合溶剂或样品中微量的钠离子,使其峰形很差.可以加入少量铵离子交换树脂去除钠离子.
2.蛋白质在MALDI源中主要产生单电荷峰和少量多电荷峰,谱图简单,分子量很直观;ESI源则产生一系列多电荷峰,需去卷积算出分子量.
3.一般是要先酶解成肽段,再用串联质谱对肽段逐个测序.但也可以对蛋白质直接进行测序,方法有:(1) MALDI-ISD-TOF,(2)ESI-ETD-FT MS,都是使蛋白质在质谱内裂解再测量其碎片,从而测定其序列.

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向大家请教几个问
1. 在使用MALDI-TOF的时候，为什么大分子量的蛋白质可以被有效分析，而大于80bp的DNA分析的效果不好？
2. Electrospray-TOF和MALDI-TOF在分析蛋白质的时候有那些区别？
3. 质谱用于蛋白质测序中的几种方法及原理？

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