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X射线衍射仪（XRD）

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仪器社区 > X射线仪器 > X射线衍射仪（XRD）帖子详情

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主题：【讨论】关于硅的粉末衍射数据的精修疑问？？

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daxu

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发表于：2010/05/13 21:26:46 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

从icsd上查出的硅的cif文件，它的原子坐标为0 0 0，以此为晶体结构文件来做精修怎么精修不出来衍射峰啊，空间群是F d -3 m，有没有高手做过多晶硅的精修模拟？？

我把我cif文件和测试的原始数据发上来供大家交流，多谢各位高手指点
http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=90381373ggemm0xp2r1u193

数据是差了点，但精修的时候也不至于连峰对不上吧
我发现我引用的Si的空间群为F d -3 m（227）而有的Si空间群为F -4 3 m（217），不知道到底用哪个？而且我在ICSD上查Silicon时都是227的空间群。

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2010/5/13 22:15:00 沙发管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

自己偶然发现大陆兄用原子坐标（1/8 1/8 1/8)空间群Fd-3m精修的数据，因此借鉴了他上传的gsas生成的cif文件，发现可以精修，但从findit上查到的Silicon的坐标为什么都是（0 0 0 ）呢，而且用这个坐标不能精修。下面我把Si 用原子坐标（1/8 1/8 1/8)空间群Fd-3m的精修结果附图所示

多谢高手讨论，谢谢

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xujun16

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2010/5/14 9:00:57 板凳管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

您好！daxu老师!
个人觉得，在开始精修前应确认，晶胞参数和空间群！
因为，如果在精修是峰的对不上，唯一的原因，就是晶胞参数和空间群的问题。
和原子位置无关！
原子位置，影响的结果只是结构因子！并不是峰位！
谢谢参考！有误之处，敬请指正！
daxu老师，数据格式，打不开！能否转换成txt。

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2010/5/14 14:08:59 Last edit by xujun16

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2010/5/14 15:34:37 马扎管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

我想daxu的问题在于原子坐标与对称操作不一致。
在International Tables for Crystallography第一卷第227号空间群给出了(0,0,0)和(1/8,1/8,1/8)两种原点选择，但两种原点对应不同的对称，因为在你构造三维晶格的时候，(0,0,0)原点和(1/8,1/8,1/8)是等价位置不假，但坐标系确定的时候它们却处在不同的对称位置上。原点和对称操作相混的结果不会对衍射位置带来差别，但却对相对强度带来翻天覆地的变化。

记住：
1、cif原子坐标和对称操作应当自洽。
2、在晶体结构数据库中有些cif是不自洽，需要手动予以修正。

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2010/5/14 15:42:22 地毯管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

下面给出直观的图示解释：
按照daxu同志的cif文件，构造出的硅三维晶格图像如下，显然这个图像是和实际不符的，
这自然导致衍射峰强大大的变化。

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2010/5/14 16:58:06 地板管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

大陆兄果然是高手，我昨天都郁闷了一天，始终搞不明白，想搞个Si标样做一下仪器的分辨率，所以先提前做做准备。多谢大陆了

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2010/5/14 17:00:42 6楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 xujun16(xujun16) 发表:
您好！daxu老师!
个人觉得，在开始精修前应确认，晶胞参数和空间群！
因为，如果在精修是峰的对不上，唯一的原因，就是晶胞参数和空间群的问题。
和原子位置无关！
原子位置，影响的结果只是结构因子！并不是峰位！
谢谢参考！有误之处，敬请指正！
daxu老师，数据格式，打不开！能否转换成txt。

多谢xujun，数据可以直接用记事本打开，选择打开方式为记事本就可以了。

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2010/5/14 17:10:34 7楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 大陆(handsomeland) 发表:
下面给出直观的图示解释：
按照daxu同志的cif文件，构造出的硅三维晶格图像如下，显然这个图像是和实际不符的，
这自然导致衍射峰强大大的变化。

我怎么觉得大陆画的图和我用同一个cif文件画的差别这么大呢？？？？？

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2010/5/14 17:35:51 8楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

那是因为你的绘图软件存在cif文件的自动修正功能；而我的图是根据cif文件给出的对称性从头构建的，probably。

原文由 daxu(daxu) 发表:
原文由 大陆(handsomeland) 发表:
下面给出直观的图示解释：
按照daxu同志的cif文件，构造出的硅三维晶格图像如下，显然这个图像是和实际不符的，
这自然导致衍射峰强大大的变化。

我怎么觉得大陆画的图和我用同一个cif文件画的差别这么大呢？？？？？

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2010/5/14 17:39:01 9楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

应该想到，坐标原点选取发生变化的时候，空间群会有细微的差别。
在谈特定空间群的时候需要指定相应的坐标原点，这是常识，否则有可能引来误解的。

原文由 xujun16(xujun16) 发表:
您好！daxu老师!
个人觉得，在开始精修前应确认，晶胞参数和空间群！
因为，如果在精修是峰的对不上，唯一的原因，就是晶胞参数和空间群的问题。
和原子位置无关！
原子位置，影响的结果只是结构因子！并不是峰位！
谢谢参考！有误之处，敬请指正！
daxu老师，数据格式，打不开！能否转换成txt。

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2010/5/14 17:41:09 10楼管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 大陆(handsomeland) 发表:
应该想到，坐标原点选取发生变化的时候，空间群会有细微的差别。
在谈特定空间群的时候需要指定相应的坐标原点，这是常识，否则有可能引来误解的。

原文由 xujun16(xujun16) 发表:
您好！daxu老师!
个人觉得，在开始精修前应确认，晶胞参数和空间群！
因为，如果在精修是峰的对不上，唯一的原因，就是晶胞参数和空间群的问题。
和原子位置无关！
原子位置，影响的结果只是结构因子！并不是峰位！
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