主题:【讨论】“源”来如此——生物质谱的离子源探究

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lucia_J
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我读书的时候老板刚从美国回来,学生物的不知道仪器,只有自己看看论文和各大厂商的资料,毕业论文最得意的就是关多维色谱和生物质谱的发展趋势包括TOF/TOF(见过岛津的),IMS离子淌度色谱和MSI质谱成像系统(这两个到毕业都没见过)。老板觉得写得很全,但是他老人家说我们解决生物学问题,不需要关注太多技术。。。因为他只关注文章。
回答的也是很普通,谢楼主


只关注文章?是不是因为不管技术怎么更新,中国总是落后一点,而文章却很多都是用的最新的技术呢?
liufeilzu
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这些技术还在成熟中,质谱成像在信号处理过程中采用“伪彩”来表示型号强度,这个和MRI(核磁共振成像)的图像处理和和重建技术是一致的,你看文章要是不标注你会发现二者太像了。
质谱成像最大的技术难题是样品制备和离子源的问题。现在的质谱成像技术制备样品基于免疫组织化学(IHC)的制备样品技术,比如甲醛固定石蜡包埋或者冰冻切片,但是在样品处理过程中组织容易坏掉,形态变形,还有上样过程(我最恨做免疫组织化学,尤其切片)。
当然现在文献还有别的样品处理方法,然后呢?是离子源的问题,你如何要组织上的分子剥离并且飞起来是个大问题,组织上覆盖基质啊,复性原位酶解啊。。。。但是组织上生物大分子有蛋白质,脂类和糖,你想获得什么呢?现有文章认为脂类最容易离子化,蛋白质检测很多时候灵敏度不够,所以我们现在看到的大多是高浓度药物质谱成像(药理药代)和脂类成像。
也许质谱成像还要更好的离子源,初步分离能力(现在很多文章推荐在质谱前接上IMS离子迁移质谱),和更高的灵敏度(这个是质谱的老话题),后续数据处理需要跟好的蛋白质和糖类搜库软件(老话题)。
liufeilzu
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关于DESI和EESI曾经非常感兴趣,还特别留意了一下,貌似DESI也是可以做质谱成像的。
这个是别人用DESI做的大鼠的脑切片的成像结果,可以提取特定质核比的离子的图像。


跟DESI类似的还有其它的离子源,感觉都是介于MALDI和ESI的,统称为Ambient desorption ionization mass spectrometry,大家有兴趣可以关注下子。


这些技术还在成熟中,质谱成像在信号处理过程中采用“伪彩”来表示型号强度,这个和MRI(核磁共振成像)的图像处理和和重建技术是一致的,你看文章要是不标注你会发现二者太像了。
质谱成像最大的技术难题是样品制备和离子源的问题。现在的质谱成像技术制备样品基于免疫组织化学(IHC)的制备样品技术,比如甲醛固定石蜡包埋或者冰冻切片,但是在样品处理过程中组织容易坏掉,形态变形,还有上样过程(我最恨做免疫组织化学,尤其切片)。
当然现在文献还有别的样品处理方法,然后呢?是离子源的问题,你如何要组织上的分子剥离并且飞起来是个大问题,组织上覆盖基质啊,复性原位酶解啊。。。。但是组织上生物大分子有蛋白质,脂类和糖,你想获得什么呢?现有文章认为脂类最容易离子化,蛋白质检测很多时候灵敏度不够,所以我们现在看到的大多是高浓度药物质谱成像(药理药代)和脂类成像。
也许质谱成像还要更好的离子源,初步分离能力(现在很多文章推荐在质谱前接上IMS离子迁移质谱),和更高的灵敏度(这个是质谱的老话题),后续数据处理需要跟好的蛋白质和糖类搜库软件(老话题)。
liufeilzu
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原文由 lucia_J(hgy154) 发表:
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我读书的时候老板刚从美国回来,学生物的不知道仪器,只有自己看看论文和各大厂商的资料,毕业论文最得意的就是关多维色谱和生物质谱的发展趋势包括TOF/TOF(见过岛津的),IMS离子淌度色谱和MSI质谱成像系统(这两个到毕业都没见过)。老板觉得写得很全,但是他老人家说我们解决生物学问题,不需要关注太多技术。。。因为他只关注文章。
回答的也是很普通,谢楼主


只关注文章?是不是因为不管技术怎么更新,中国总是落后一点,而文章却很多都是用的最新的技术呢?

这个你大概说的是对的。很多国外比我们快,我们用800M核磁国外已经有1G的呢,技术这个问题很复杂,问你个简单问题,你用过国产的质谱仪器吗?搭建一个平台需要很多时间,现在老板回国后三年没有文章就说不过去,所以现在大都短平快的干活。
因为我们装备制造技术不是很好,大多我们都跟在国外同行后面做,当然有哪些点子很好的人不靠仪器,但是我没见到
monod
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我读书的时候老板刚从美国回来,学生物的不知道仪器,只有自己看看论文和各大厂商的资料,毕业论文最得意的就是关多维色谱和生物质谱的发展趋势包括TOF/TOF(见过岛津的),IMS离子淌度色谱和MSI质谱成像系统(这两个到毕业都没见过)。老板觉得写得很全,但是他老人家说我们解决生物学问题,不需要关注太多技术。。。因为他只关注文章。
回答的也是很普通,谢楼主


只关注文章?是不是因为不管技术怎么更新,中国总是落后一点,而文章却很多都是用的最新的技术呢?

这个你大概说的是对的。很多国外比我们快,我们用800M核磁国外已经有1G的呢,技术这个问题很复杂,问你个简单问题,你用过国产的质谱仪器吗?搭建一个平台需要很多时间,现在老板回国后三年没有文章就说不过去,所以现在大都短平快的干活。
因为我们装备制造技术不是很好,大多我们都跟在国外同行后面做,当然有哪些点子很好的人不靠仪器,但是我没见到


其实国内有几个前辈还是在这么做着。只是后备力量越来越薄弱了。正如你所说,大的风气是这样的。但正是这样才需要我们鼓舞士气。
徐好狗
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我读书的时候老板刚从美国回来,学生物的不知道仪器,只有自己看看论文和各大厂商的资料,毕业论文最得意的就是关多维色谱和生物质谱的发展趋势包括TOF/TOF(见过岛津的),IMS离子淌度色谱和MSI质谱成像系统(这两个到毕业都没见过)。老板觉得写得很全,但是他老人家说我们解决生物学问题,不需要关注太多技术。。。因为他只关注文章。
回答的也是很普通,谢楼主


只关注文章?是不是因为不管技术怎么更新,中国总是落后一点,而文章却很多都是用的最新的技术呢?

这个你大概说的是对的。很多国外比我们快,我们用800M核磁国外已经有1G的呢,技术这个问题很复杂,问你个简单问题,你用过国产的质谱仪器吗?搭建一个平台需要很多时间,现在老板回国后三年没有文章就说不过去,所以现在大都短平快的干活。
因为我们装备制造技术不是很好,大多我们都跟在国外同行后面做,当然有哪些点子很好的人不靠仪器,但是我没见到


其实国内有几个前辈还是在这么做着。只是后备力量越来越薄弱了。正如你所说,大的风气是这样的。但正是这样才需要我们鼓舞士气。


我们实验室是国内最早做质谱新技术的,那都是90年代了,比如离子源呀、接口、多维、前处理等,十几分的文章发了n多。先开始专家还看看,搞了点钱;不过时间一长,没有产业化的大规模应用,很快就被自证明是不行的了。NSF理论上是不看产品的,不过5年没卖出去产品,后来再申NSF都不行了。

所以嘛,新技术后面就是要商业化。商业化不成功,就证明技术上不成功。技术成功怎么能不解决用户问题,发愁卖不出去呢?这是给各位海龟的一点建议,这种商业模式转不下去的。

monod
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我读书的时候老板刚从美国回来,学生物的不知道仪器,只有自己看看论文和各大厂商的资料,毕业论文最得意的就是关多维色谱和生物质谱的发展趋势包括TOF/TOF(见过岛津的),IMS离子淌度色谱和MSI质谱成像系统(这两个到毕业都没见过)。老板觉得写得很全,但是他老人家说我们解决生物学问题,不需要关注太多技术。。。因为他只关注文章。
回答的也是很普通,谢楼主


只关注文章?是不是因为不管技术怎么更新,中国总是落后一点,而文章却很多都是用的最新的技术呢?

这个你大概说的是对的。很多国外比我们快,我们用800M核磁国外已经有1G的呢,技术这个问题很复杂,问你个简单问题,你用过国产的质谱仪器吗?搭建一个平台需要很多时间,现在老板回国后三年没有文章就说不过去,所以现在大都短平快的干活。
因为我们装备制造技术不是很好,大多我们都跟在国外同行后面做,当然有哪些点子很好的人不靠仪器,但是我没见到


其实国内有几个前辈还是在这么做着。只是后备力量越来越薄弱了。正如你所说,大的风气是这样的。但正是这样才需要我们鼓舞士气。


我们实验室是国内最早做质谱新技术的,那都是90年代了,比如离子源呀、接口、多维、前处理等,十几分的文章发了n多。先开始专家还看看,搞了点钱;不过时间一长,没有产业化的大规模应用,很快就被自证明是不行的了。NSF理论上是不看产品的,不过5年没卖出去产品,后来再申NSF都不行了。

所以嘛,新技术后面就是要商业化。商业化不成功,就证明技术上不成功。技术成功怎么能不解决用户问题,发愁卖不出去呢?这是给各位海龟的一点建议,这种商业模式转不下去的。



酒香不怕巷子深,其实不光是德国佬的意识流,也是很多老学术的围城所在。主流社会,还是讲求多赢状态。一个人吃个胖子,就算成了,也很危险。各位懂的。
田中耕二
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关于DESI和EESI曾经非常感兴趣,还特别留意了一下,貌似DESI也是可以做质谱成像的。
这个是别人用DESI做的大鼠的脑切片的成像结果,可以提取特定质核比的离子的图像。


跟DESI类似的还有其它的离子源,感觉都是介于MALDI和ESI的,统称为Ambient desorption ionization mass spectrometry,大家有兴趣可以关注下子。


DESI的空间分辨比MALDI差多了。好处是大气压,对样品破坏小。

你讲的那些都是大气压直接分析离子源,不知道为什么说介于“ESI和MALDI”。
徐好狗
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关于DESI和EESI曾经非常感兴趣,还特别留意了一下,貌似DESI也是可以做质谱成像的。
这个是别人用DESI做的大鼠的脑切片的成像结果,可以提取特定质核比的离子的图像。

跟DESI类似的还有其它的离子源,感觉都是介于MALDI和ESI的,统称为Ambient desorption ionization mass spectrometry,大家有兴趣可以关注下子。


DESI的空间分辨比MALDI差多了。好处是大气压,对样品破坏小。

你讲的那些都是大气压直接分析离子源,不知道为什么说介于“ESI和MALDI”。


AP MALDI也还可以呦!虽然灵敏度比MALDI低了一点,比oMALDI也低了一点;spacial resolution也还可以!
maldiguy
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这些技术还在成熟中,质谱成像在信号处理过程中采用“伪彩”来表示型号强度,这个和MRI(核磁共振成像)的图像处理和和重建技术是一致的,你看文章要是不标注你会发现二者太像了。
质谱成像最大的技术难题是样品制备和离子源的问题。现在的质谱成像技术制备样品基于免疫组织化学(IHC)的制备样品技术,比如甲醛固定石蜡包埋或者冰冻切片,但是在样品处理过程中组织容易坏掉,形态变形,还有上样过程(我最恨做免疫组织化学,尤其切片)。
当然现在文献还有别的样品处理方法,然后呢?是离子源的问题,你如何要组织上的分子剥离并且飞起来是个大问题,组织上覆盖基质啊,复性原位酶解啊。。。。但是组织上生物大分子有蛋白质,脂类和糖,你想获得什么呢?现有文章认为脂类最容易离子化,蛋白质检测很多时候灵敏度不够,所以我们现在看到的大多是高浓度药物质谱成像(药理药代)和脂类成像。
也许质谱成像还要更好的离子源,初步分离能力(现在很多文章推荐在质谱前接上IMS离子迁移质谱),和更高的灵敏度(这个是质谱的老话题),后续数据处理需要跟好的蛋白质和糖类搜库软件(老话题)。

纯技术讨论,我喜欢。不喜欢夸夸其谈的政策啥的,比很多无聊的自以为是的专家教授好多了
样品制备确实是个问题,石蜡包埋的样品应该不适合做Imaging的。切片没玩过,看别人切过,确实是技术活,但很多人觉得这个太初级
离子源就更麻烦了,不管用什么离子源,都只能电离组织表面的丰度比较高的,分子量相对比较小的,水溶性的,偏碱性的物质,和瞎子摸象差不多的。但所有的研究不都是这样么?
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