鸡母珠毒蛋白比蓖麻毒蛋白更具致命性,吸入不到3微克的鸡母珠毒蛋白就可以使人丧命,而1颗鸡母珠豆的含毒量要大于3微克。它破坏细胞膜,阻止蛋白质的合成,让细胞最重要的职责不能够完成。吸入后中毒的症状为:在数小时至一日内出现食欲不振、恶心、呕吐、肠绞痛、腹泻、便血、无尿、瞳孔散大、惊厥、呼吸困难和心力衰竭,严重的呕吐和腹泻可导致脱水、酸中毒和休克,甚至出现黄疽、血尿等溶血现象,一般因呼吸衰竭而死亡。尸检可见胃和肠内大面积溃疡及出血。
该物种为有毒植物,其毒性为种子剧毒,叶和根次之。而一粒果仁即可使人致死各种动物对相思子的毒性有不同的敏感性,如60g种子可使马致死,而同样剂量对牛、羊和猪却不会引起死亡。