凝胶渗透色谱仪也可以用水相溶剂作载液,例如:聚乙烯醇就是用稀的硝酸钠水溶液作载液/溶剂来分析分子量及其分布,相似的应用还有:用铜氨溶液分析粘胶纤维、用水相溶剂分析多糖、多肽、蛋白质等生化样品的分子量及分布。在这里,无机盐往往用于提高沸点以便于分析时升高测试温度。其它方面,没有什么区别,但是就像THF体系一样,水相应用时,仪器系统最好带上脱气机,因为运动粘度小的溶剂往往容易溶进气体,如:空气、氧气等,气体会对示差、粘度检测器的测试有影响,造成基线不稳、不平滑,在温度较高时,如:50度以上,可能会更明显一些。