色谱柱的内径直接影响柱子的分离效率、保留特性和样品容量。通常内径小的色谱柱柱效更高,分离效果更好;而大内径的色谱柱柱容量大,载样量高。
常用的毛细管色谱柱的内径有0.25、0.32和0.53mm 3种规格。其中,0.25mm
的柱子,柱效较高,但柱容量较低;而0.32mm的柱子,柱效比0.25mm的色谱柱稍低,但柱容量高约60%;而0.53mm的柱子,具有类似于填充柱的柱容量,可用于分流进样,也可用于不分流进样。对于复杂样品的分离,可采用小内径的色谱柱,当柱容量是主要考虑因素时(如痕量分析),选择大内径毛细管柱较为合适。