RNA-seq(RNA sequencing [1])即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。
RNA测序最经常用于分析差异表达基因(DEG)。标准的工作流程从实验室提取RNA开始,到mRNA富集或去除核糖体RNA,cDNA反转录以及制备由接头连接的测序文库。接下来,这个文库会被高通量测序平台测序,每一个样本通常会被测序到10000000~30000000读长。最后,实验得到的数据通过比对或拼接测序的读长到转录组,量化覆盖转录本的读长,过滤和样本间归一化,用统计模型描述每个基因在各个样本组之间存在什么样的表达水平上的差异。