主题：【讨论】Tapping 模式下扫描出的DNA链高度低于实际值该如何解释

下面是我的理解：

最直观的原因可能是要检查你扫图的时候参数控制如何，理论上原子力测z向的尺寸非常准，但如果你使用的针尖太硬或扫图时力太大，都会影响到z向的真实尺寸。

其次可能是你制样的时候，你的样品是嵌在基底里，或者你的基底不平，或者你的样品不干净，如你的样品在分散在基底时同时在基底上形成水膜（或其它buffer溶液的薄膜），都可能导致你测出z向尺寸偏小。

多测几次看看。

以下是本人原来的工作总结,请参考.
轻敲模式原子力显微镜（TMAFM）在空气中测得的
双链DNA 分子的高度在大多数情况下只有0.7-0.8 nm[1-8]，远远低于目前普遍
接受的DNA 双链分子的直径值2～2. 2 nm[9]，在TMAFM 成像模式下，针尖
只有在很靠近样品表面时才能稳定成像，造成了针尖对样品的压力比较大，因
而使得柔软样品的表面发生较大的压力形变。

1. DNA 分子的脱水，我们的实验是在相对湿度25％－30％的条件下进行
的，由于高湿度可能会引起样品表面水膜的存在影响实验，所以必须保持低湿
度条件。由于DNA 分子的脱水可能造成DNA 分子的高度有所变低[23]；DNA
分子的高度在水合状态下是比在脱水状态下高，这也是为什么在溶液状态下的
DNA 分子高度远远大于在空气中的DNA 分子高度。
2. 所有的实验结果都是衬底和DNA 分子之间的相对值，由于衬底的吸附
作用，可能有部分DNA 分子已经陷入衬底，导致本研究无法测量，从而导致
DNA分子的测量值降低。本研究曾经在原位观察72 小时前后的DNA高度变化，
结果显示，DNA 分子刚刚制备好以后就立即测量的高度要大于72 小时后测量
得到的高度，这可能是DNA 分子和衬底吸附变得更加牢固的原因。
3. DNA 分子的部分塑性逆形变 虽然我们在TMAFM 实验中尽量保持在最
小的力作用下测量DNA 分子的高度，但是就是这个最小力可能已经造成了
DNA 分子的部分塑性形变，属于不可逆形变。

这是上面提到的参考文献,可以查一下原文读读!希望对你有帮助.
[1] Gössl L, Shu A D, Schlüter J P, et al. Molecular structure of Single DNA
complexes with positively charged dendronized polymers I. J. Am. Chem. Soc.
2002, 124: 6860-6865
[2] Pietrasanta L I, Thrower D, Hsieh W,et al. Probing the Saccharomyces
cerevisiae centromeric DNA (CEN DNA)-binding factor 3 (CBF3)
kinetochore complex by using atomic force microscopy. Proc. Natl. Acad. Sci.
1999, 96: 3757~3762.
[3] Thomson N H, Kasas S, Smith B, et al. Reversible binding of DNA to mica
for AFM imaging, Langmuir. 1996, 12:5905–5908
[4] Hansma H G, Revenko I, Kim K, et al. Atomic force microscopy of long and
short double-stranded, single-stranded and triple-stranded nucleic acids.
Nucleic Acids Res. 1996,24:713~720
[5] Lyubchenko Y L, Shlyakhtenko L S, Aki T, et al. Atomic force microscopic
demonstration of DNA looping by GalR and HU. Nucl. Acids Res. 1997,25:
873~876.
[6] Maeda Y, Matsumoto T, Kaway T, Observation of single- and double-stranded
DNA using noncontact AFM. Appl.Surf.Sci., 1999,140: 400-405
[7] Moreno-Herrero F, Herrero P, Colchero J, et al. Analysis by atomic force
microscopy of Med8 binding to cis-acting regulatory elements of the SUC2
and HXK2 genes of saccharomyces cerevisiae, FEBS Lett., 1999,459:
427~432
[8] Ye J Y, Umemura K, Ishikawa M, et al. Atomic force microscopy of DNA
molecules stretched by spin-coating technique. Anal. Biochem. 2000,281 (1):
21-25

恩， 非常感谢

个人认为对这一问题目前最主要的有两点解释
一，空气湿度，以及我们在空气中扫描脱水后的DNA；
二，如前面楼上的所说，不同刚度的探针，即悬臂较硬或较软测出来的也是不一样的。

当然，还有其它原因，不过不知道可调节的范围有多大

原文由 ssh110 发表:
以下是本人原来的工作总结,请参考.
轻敲模式原子力显微镜（TMAFM）在空气中测得的
双链DNA 分子的高度在大多数情况下只有0.7-0.8 nm[1-8]，远远低于目前普遍
接受的DNA 双链分子的直径值2～2. 2 nm[9]，在TMAFM 成像模式下，针尖
只有在很靠近样品表面时才能稳定成像，造成了针尖对样品的压力比较大，因
而使得柔软样品的表面发生较大的压力形变。

1. DNA 分子的脱水，我们的实验是在相对湿度25％－30％的条件下进行
的，由于高湿度可能会引起样品表面水膜的存在影响实验，所以必须保持低湿
度条件。由于DNA 分子的脱水可能造成DNA 分子的高度有所变低[23]；DNA
分子的高度在水合状态下是比在脱水状态下高，这也是为什么在溶液状态下的
DNA 分子高度远远大于在空气中的DNA 分子高度。
2. 所有的实验结果都是衬底和DNA 分子之间的相对值，由于衬底的吸附
作用，可能有部分DNA 分子已经陷入衬底，导致本研究无法测量，从而导致
DNA分子的测量值降低。本研究曾经在原位观察72 小时前后的DNA高度变化，
结果显示，DNA 分子刚刚制备好以后就立即测量的高度要大于72 小时后测量
得到的高度，这可能是DNA 分子和衬底吸附变得更加牢固的原因。
3. DNA 分子的部分塑性逆形变 虽然我们在TMAFM 实验中尽量保持在最
小的力作用下测量DNA 分子的高度，但是就是这个最小力可能已经造成了
DNA 分子的部分塑性形变，属于不可逆形变。

是否与选用的基地有关？如果作用力较大的话会不会也会有影响/

恩，个人认为如果制样熟练，与基底的关系不大，
当然，力的大小肯定很有影响，不过如何控制，
还需高手出来说说

原文由 ifish 发表:
是否与选用的基地有关？如果作用力较大的话会不会也会有影响/

清风侠就是高手啊[ em17]

原文由 ssh110 发表:
以下是本人原来的工作总结,请参考.
轻敲模式原子力显微镜（TMAFM）在空气中测得的
双链DNA 分子的高度在大多数情况下只有0.7-0.8 nm[1-8]，远远低于目前普遍
接受的DNA 双链分子的直径值2～2. 2 nm[9]，在TMAFM 成像模式下，针尖
只有在很靠近样品表面时才能稳定成像，造成了针尖对样品的压力比较大，因
而使得柔软样品的表面发生较大的压力形变。

1. DNA 分子的脱水，我们的实验是在相对湿度25％－30％的条件下进行
的，由于高湿度可能会引起样品表面水膜的存在影响实验，所以必须保持低湿
度条件。由于DNA 分子的脱水可能造成DNA 分子的高度有所变低[23]；DNA
分子的高度在水合状态下是比在脱水状态下高，这也是为什么在溶液状态下的
DNA 分子高度远远大于在空气中的DNA 分子高度。
2. 所有的实验结果都是衬底和DNA 分子之间的相对值，由于衬底的吸附
作用，可能有部分DNA 分子已经陷入衬底，导致本研究无法测量，从而导致
DNA分子的测量值降低。本研究曾经在原位观察72 小时前后的DNA高度变化，
结果显示，DNA 分子刚刚制备好以后就立即测量的高度要大于72 小时后测量
得到的高度，这可能是DNA 分子和衬底吸附变得更加牢固的原因。
3. DNA 分子的部分塑性逆形变 虽然我们在TMAFM 实验中尽量保持在最
小的力作用下测量DNA 分子的高度，但是就是这个最小力可能已经造成了
DNA 分子的部分塑性形变，属于不可逆形变。

好,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

型号：TX　 参考价格：面议　　 产地：北京

         
技术参数
温度：100度-1000/1200/1400/1700度.(特殊可定制)
容积：6升 - 9 升多种可选。(特殊可定制)
型号规格多种可选，满足不同需求．
程序控温型功能马弗炉.

注：可根据用户所提的要求加工生产
容积：1-30升
最高使用温度：100℃-1700℃


主要特点
产品特点：
● 炉体智能控制器一体化设计，美观、大方，炉门采用侧开门设计
● 采用两侧衬板式加热元件，升温速度均匀，更换炉丝方便、可靠
●采用陶瓷纤维绝热，加热更快速，并减少了热能消耗，与传统的马弗炉相比重量减轻1/2,升温速度提高1倍，大大节约能源，寿命提高3.5倍；保温效果好，炉外表温度低
● 采用全新数字显示，数字设定温度，智能控制技术，可减少视读和人为操作误差，大大提高工作效率
● 设有多种保护装置，提高了安全性及可靠性
●独立控制系统，方便维修更换
●炉体上开设的空气进气口
●可根据顾客需要定做其他规格产品


仪器介绍 

TX系列陶瓷纤维高温马弗炉专为高等院校、科研院所实验室样品前处理，冶金试验室熔融试验，热处理退火，淬火等而设计制造，采用先进的制造工艺和新型环保保温材料，电炉外壳全部使用优质钢材精工制作，豪华美观，内置式全纤维整体炉膛结构，由高纯氧化铝纤维材料，经制模后高温烧结成型，由于全纤维炉膛材料致密度高、热容小，因而能耗低、热效率高，能满足快速升降温的要求，并具有炉温均匀、保温效果好、重量轻、高效环保节能等特点。同时温度控制系统均配置智能温度程序控制仪，采用进口可控硅模块移相调压控制方式，超温报警自动保护，控温精度高、安全可靠，是实验室的理想设备。
北京皮尔美特科技有限公司 
地址：北京市朝阳区大山子北里小5号楼402室[100015]
电话：64353151 64352762
传真：010-64353151
联系人：贾先生
E-Mail：pyramid_bj@yahoo.com.cn

应该是基底的作用，基底表面不可能完全平整，可能dna太小了。