因不符合食品和药品法的危险药品而产生的问题越来越多,如1937年的磺胺酏剂(Elixir Sulfanilamide)大灾难,从而引起了国家的关注。Massengill 没有经过安全性试验就销售该产品(法律中也未作此要求)。由于其中用二甘醇(diethylene glycol)作为媒介物,一种抗冻剂的化学相似物,导致100多人死亡,其中大部分为小孩。1938年,罗斯福总统签署了《联邦食品、药品与化妆品法》(Federal Food, Drug and Cosmetic Act),该法律要求新药上市前必须经过安全性试验,其结果应列在新药申请(new drug application[NDA])中提交给FDA。法律还要求药品标签中应充分说明如何安全使用,所有药品广告都需经联邦贸易委员会(Federal Trade Commission)批准。
该法律签署三个月后,在Harvard接受了医药培训并在Yale 大学任教的Theodore Klumpp接替了Durrett的位置,开始主管药品处。到这时为止,其下面已有四个部门:化学组(Chemical Section)、合作组(Collaboration Section)、医学组(Medical Section)和兽药组(Veterinary Section)。此时它们的大部分工作集中在新药申批,第一年内就接受了1200份新药申请。
1940年代初期,FDA在药品领域新增了3个职责。1941年通过《胰岛素修正案》(Insulin Amendment),要求所有批次的胰岛素在上市前必须经过纯度(purity)、浓度(strength)、质量(quality)和特性(identity)检测。该检测由药理处(Pharmacology Division)下面的一个组指导。同年,FDA要求处方者(prescriber)为所有新药贴上与使用说明书相应的标签,且应符合1938年的法规的有关药品使用规定。1945年通过了《青霉素修正案》(Penicillin Amendment),参照《胰岛素修正案》。它要求全部或部分由青霉素组成的药品应进行批认证(batch certification)。后来要求其它的抗生素也进行批认证。其测定由另一个独立的部门执行,即青霉素管制和免疫学处(Division of Penicillin Control and Immunology)。该处下设四个组:青霉素认证组(Section of Penicillin Certification)、免疫学组(Sections of Immunology)、防腐剂组(Sections of Antiseptics)和抗生素组(Sections of Antibiotics),它的职责远远超过青霉素的检测,1949年它被更名为抗生素处(Division of Antibiotics)。
这时药品处由Robert P.Herwick主管,他是1941年上任的,曾接受过化学、药理学、毒物学、医学和法律方面的培训。在新管理体制下,药品处保留了原来的几个组:医学组、化学组和兽药组。医学组负责评价新药安全和标签,并为法庭案件提供咨询。兽医组职责与医学组类似,只是其对象是兽药。化学组负责分析药品并通过化学家改进分析方法。
到1945年为止,药品处主管同时还是FDA首席医学官员(Chief Medical Officer),这以后不久,药品处(Drug Division)被更名为药物处(Division of Medicine)。1947年由Robert Stormont接替Herwick主管药物处。Stormiont曾接受过药理学和医学方面的培训,在1946年进入FDA工作以前曾在Naval医药公司工作。
Stormont离任后,由从1947年起任新药组(New Drug Section)主管的Erwin E Nelson接替他的工作。而Ralph Smith成为新药组主管,并一直持续至60年代中期。Ralph Smith既是一个医学博士(M.D)又是一个哲学博士(Ph.D.),进入FDA工作前,他是Tulane大学医学院的药理系主任。在Smith的领导下,新药组批准了7000多个新药申请。在Nelson和Smith任职后不久,国会通过了一个对药品管理有重大影响的法律。1951年,这个法律中的《Durham-Humphrey修正案》明确了处方药和非处方药的界限。该修正案特别指出由一些参数定义为危险药品的销售必须有处方,且必须标明:“注意:联邦法律禁止无处方销售(Caution: Federal law prohibits dispensing without prescription)”
1955年,FDA对药品不良反应报告(adverse drug reaction reporting)作了实验性研究,使药品销售管理更进了一步。在与美国医院药师学会(American Society of Hospital Pharmacists)、美国医学会(American Medical Association)和其它部门的合作下,该研究着重于医院和药剂师的用药反应报告。此时的不良反应报告是自愿的,报告往往缺少。1957年,为有助于评价上市后的新药,对不良反应报告试验扩大了范围。到1963年,已有200家左右医院加入了自愿报告体系。
1955年健康、教育和福利部部长(Secretary of Health, Education, and Welfare)任命了一个公民咨询委员会(Citizens Advisory Committee),对FDA的行为进行评估,并对如何提高资源利用提出建议。它有14个成员,由行业领导和消费者组成,并由G.Cullen Thomas 主管。1955年6月他们提出了100多条建议,其中24条是明确针对药品的。绝大多数有关药品的建议是关于新药申请程序,尤其建议加速评审程序。委员会建议FDA成员应至少增加3倍,预算应增加4倍。
1955年,由于公民咨询委员会的建议,药物处经历了一次大调整,并于1957年成为药物局(Bureau of Medicine)。此时 ,药物局由Albert Holland主管,他以前曾是纽约大学医学院和Armour实验室的医学主管。1952年Nelson辞去药物处主管后,1954年由Holland主管。
这次机构大调整后,不但成立了药物局,而且还成立了生物和自然科学局(Bureau of Biological and Physical Sciences),由FDA内的7个科学处组成。这些处室,包括药理和抗生素,涉及很多课题,既包括食品,也包括与药品有关的(比如,如何改进胰岛素和可认证抗生素的分析方法和规格)。1959年,它开始发行内部刊物——《Bureau By-Lines》,旨在加强各部门和各实验室之间的联系,并一直发行到1982年。在50年代末期,药物局由5个组组成,包括新药组(New Drug Branch)、药品及器材组(Drug and Device Branch)、兽药组(Veterinary Medicine Branch)、医用抗生素组(Medical Antibiotics Branch)以及研究和参考组(Research and Reference Branch)。新任主管是William Kessenich,他于1959年进FDA工作,以前曾任职于Georgetown 大学内科医学系。